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万見
- PDB-2f6i: Crystal structure of the ClpP protease catalytic domain from Plas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f6i
タイトルCrystal structure of the ClpP protease catalytic domain from Plasmodium falciparum
要素ATP-dependent CLP protease, putative
キーワードHYDROLASE / Clp protease / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


apicoplast / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / hydrolase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Mulichak, A. / Loppnau, P. / Bray, J. / Amani, M. / Vedadi, M. / Wasney, G. / Finerty, P. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A. ...Mulichak, A. / Loppnau, P. / Bray, J. / Amani, M. / Vedadi, M. / Wasney, G. / Finerty, P. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Hui, R. / Plotnikova, O. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The Clp chaperones and proteases of the human malaria parasite Plasmodium falciparum.
著者: El Bakkouri, M. / Pow, A. / Mulichak, A. / Cheung, K.L. / Artz, J.D. / Amani, M. / Fell, S. / de Koning-Ward, T.F. / Goodman, C.D. / McFadden, G.I. / Ortega, J. / Hui, R. / Houry, W.A.
#1: ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2007
タイトル: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms.
著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R.
履歴
登録2005年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent CLP protease, putative
B: ATP-dependent CLP protease, putative
C: ATP-dependent CLP protease, putative
D: ATP-dependent CLP protease, putative
E: ATP-dependent CLP protease, putative
F: ATP-dependent CLP protease, putative
G: ATP-dependent CLP protease, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,0947
ポリマ－174,0947
非ポリマー00
水4,468248
1
A: ATP-dependent CLP protease, putative
B: ATP-dependent CLP protease, putative
C: ATP-dependent CLP protease, putative
D: ATP-dependent CLP protease, putative
E: ATP-dependent CLP protease, putative
F: ATP-dependent CLP protease, putative
G: ATP-dependent CLP protease, putative

A: ATP-dependent CLP protease, putative
B: ATP-dependent CLP protease, putative
C: ATP-dependent CLP protease, putative
D: ATP-dependent CLP protease, putative
E: ATP-dependent CLP protease, putative
F: ATP-dependent CLP protease, putative
G: ATP-dependent CLP protease, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,18814
ポリマ－348,18814
非ポリマー00
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area51810 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area88350 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)158.300, 196.460, 139.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a tetradecamer generated from the heptamer in the asymmetric unit by the operation: -X, Y, -Z+1/2

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent CLP protease, putative


分子量: 24870.557 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
プラスミド: pET-28a vector customized for thrombin cleavage and LIC
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O97252, endopeptidase Clp
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG MME 550, Ammonium sulfate, cacodylate buffer., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 78895 / Num. obs: 78895 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rsym value: 0.078
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 4.5 % / Num. unique all: 7777 / Rsym value: 0.316 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1TYF

1tyf


解像度: 2.45→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The following loops are unobserved and omitted from the model: Chain A 297-304, Chain B 290-304, Chain C 298-303, Chain D 297-303, Chain E 297-304, Chain F 292-303. Side chain atoms of ...詳細: The following loops are unobserved and omitted from the model: Chain A 297-304, Chain B 290-304, Chain C 298-303, Chain D 297-303, Chain E 297-304, Chain F 292-303. Side chain atoms of residues listed in Remark 470 are unobserved in electron density maps and are omitted from model.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.238 3790 random
Rwork0.21 --
all0.211 78853 -
obs0.211 76615 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9941 0 0 248 10189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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