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- PDB-2f5m: Cross-linked barnase soaked in bromo-ethanol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f5m
タイトルCross-linked barnase soaked in bromo-ethanol
要素Ribonuclease
キーワードHYDROLASE / DENATURATION / LYSOZYME / BARNASE / CROSS-LINKED CRYSTALS / GLUTARALDEHYDE / UREA / THIOUREA / BROMOETHANOL
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Barnase / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-BROMOETHANOL / Ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Prange, T. / Salem, M.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2006
タイトル: On the edge of the denaturation process: Application of X-ray diffraction to barnase and lysozyme cross-linked crystals with denaturants in molar concentrations.
著者: Salem, M. / Mauguen, Y. / Prange, T.
履歴
登録2005年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease
B: Ribonuclease
C: Ribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8485
ポリマ－36,5993
非ポリマー2502
水3,693205
1
A: Ribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2001
ポリマ－12,2001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4493
ポリマ－12,2001
非ポリマー2502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2001
ポリマ－12,2001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.280, 59.280, 81.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease / Barnase / RNase Ba


分子量: 12199.515 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
プラスミド: PMJ1002 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00648, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-BRJ / 2-BROMOETHANOL / 2-ブロモエタノ-ル


分子量: 124.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5BrO
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: FROM AMMONIUM SULFATE, PROTEIN =20 MG/ML, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.964 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年3月26日 / 詳細: CURVATED MULTILAYER MIRROR
放射モノクロメーター: CURVATED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.949→9.5 Å / Num. all: 22360 / Num. obs: 20696 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.949→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / % possible all: 81.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2F4Y

2f4y


解像度: 1.95→9.5 Å / Num. parameters: 11187 / Num. restraintsaints: 10765 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射
Rwork0.1783 --
all-22360 -
obs-20696 96 %
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 2508 / Occupancy sum non hydrogen: 2796
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→9.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2592 0 8 205 2805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0252
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.044
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.039
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.07
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used% reflection obs (%)
1.95-2.10.172X-RAY DIFFRACTION4162481.5
2.1-2.50.157X-RAY DIFFRACTION6998488.6
2.5-30.151X-RAY DIFFRACTION4109492.3
3-9.50.189X-RAY DIFFRACTION5360492.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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