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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f5b | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF FAB' FROM THE HIV-1 NEUTRALIZING ANTIBODY 2F5 IN COMPLEX WITH ITS GP41 EPITOPE | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOGLOBULIN / FAB COMPLEX / HIV-1 NEUTRALIZATION / GP41 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Bryson, S. / Julien, J.P. / Hynes, R.C. / Pai, E.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009 タイトル: Crystallographic definition of the epitope promiscuity of the broadly neutralizing anti-human immunodeficiency virus type 1 antibody 2F5: vaccine design implications. 著者: Bryson, S. / Julien, J.P. / Hynes, R.C. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2f5b.cif.gz | 105.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2f5b.ent.gz | 80.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2f5b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2f5b_validation.pdf.gz | 446 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2f5b_full_validation.pdf.gz | 461.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2f5b_validation.xml.gz | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2f5b_validation.cif.gz | 34.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/2f5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/2f5b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1u8hC 1u8iC 1u8jC 1u8lC 1u8mC 1u8nC 1u8oC 1u8pC 1u8qC 1u91C 1u92C 1u93C 1u95C 2f5aC 2pw1C 2pw2C 3idgC 3idiC 3idjC 3idmC 3idnC 1clzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23363.844 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB' / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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#2: 抗体 | 分子量: 24955.410 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB' / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 848.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: Q75760*PLUS |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: 1.6M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M CITRATE PH 5.0, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月1日 / 詳細: QUARTZ MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI (1,1,1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→12 Å / Num. all: 45917 / Num. obs: 39621 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.313 / % possible all: 93 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB 1CLZ 解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high rms absF: 882815.24 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 76 Å2 / ksol: 0.4113 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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