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万見
- PDB-2evf: Structure of a Ndt80-DNA complex (MSE mutant mA6T) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2evf
タイトルStructure of a Ndt80-DNA complex (MSE mutant mA6T)
要素
  • 5'-D(*AP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
  • NDT80 protein
キーワードCELL CYCLE/DNA / BETA-BARREL / IG-FOLD TRANSCRIPTION FACTOR / CELL CYCLE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear chromosome / meiotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
NDT80 DNA-binding domain / NDT80 DNA-binding domain / NDT80 DNA-binding domain superfamily / NDT80 / PhoG like DNA-binding family / NDT80 DNA-binding domain profile. / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Meiosis-specific transcription factor NDT80
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Lamoureux, J.S. / Glover, J.N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Principles of Protein-DNA Recognition Revealed in the Structural Analysis of Ndt80-MSE DNA Complexes.
著者: Lamoureux, J.S. / Glover, J.N.
履歴
登録2005年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
C: 5'-D(*AP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*GP*C)-3'
A: NDT80 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1503
ポリマ－48,1503
非ポリマー00
水7,656425
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.193, 78.754, 161.536
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-664-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*C)-3'


分子量: 4257.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MUTANT MSE DNA STRAND 1
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*GP*C)-3'


分子量: 4301.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MUTANT MSE DNA STRAND 2
#3: タンパク質 NDT80 protein


分子量: 39590.527 Da / 分子数: 1 / Fragment: NDT80 DNA BINDING DOMAIN / Mutation: s146g, i200t / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NDT80 / プラスミド: pGEX-6P1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P38830
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 28% PEG 400, 50 mM bis-tris-propane pH 7.0, 100 mM NaCl, 50 mM CaCl2, and 1 mM DTT. 1:1 Molar ratio protein:DNA, protein at 20mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2bis-tris-propane11
3NaCl11
4CaCl211
5DTT11
6H2O11
7PEG 40012
8NaCl12
9CaCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.072158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月14日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: KOHZU: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→23.56 Å / Num. all: 63123 / Num. obs: 63123 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
1.56-1.643.20.2393.186090.23993.4
1.64-1.7440.143585970.14398.4
1.74-1.864.30.0937.181950.09399.6
1.86-2.014.60.0777.676870.07799.7
2.01-2.215.30.076870920.07699.9
2.21-2.476.70.0659.264070.065100
2.47-2.858.50.061056910.06100
2.85-3.498.80.04612.648650.046100
3.49-4.938.40.03716.338160.037100
4.93-23.567.60.03317.721640.03399.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB 1MNN - MINUS DNA AT SEQUENCE CHANGES AND 1 BASEPAIR ADJACENT TO THOSE CHANGES

1mnn


解像度: 1.56→23.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.229 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 3191 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
all0.173 63060 --
obs0.173 63060 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→23.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2433 551 0 425 3409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0213103
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4122.1854322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89735931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.625289
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022972
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02510
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.3474
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2370.33035
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.51709
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.5539
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.311
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2790.345
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3280.528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.42631479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.46542444
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.78351624
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.189101878
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.292 225
Rwork0.247 4023
obs-4248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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