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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2evb | ||||||
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タイトル | Structure of Biotin Carboxyl Carrier Protein (74Val start) from Pyrococcus horikoshi OT3 Ligand Free Form I | ||||||
要素 | methylmalonyl-CoA decarboxylase gamma chain | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / TRANSFERASE / Biotin / BCCP / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Bagautdinov, B. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Protein biotinylation visualized by a complex structure of biotin protein ligase with a substrate 著者: Bagautdinov, B. / Matsuura, Y. / Bagautdinova, S. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2evb.cif.gz | 27.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2evb.ent.gz | 17.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2evb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2evb_validation.pdf.gz | 425.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2evb_full_validation.pdf.gz | 426.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2evb_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2evb_validation.cif.gz | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/2evb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/2evb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1x01C 2d5dC 2dxuC 2dzcC 2e41C 2e64C 2ejfC 2ejgC 2zgwC 1bdoS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7985.457 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 73-146 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: bccp / プラスミド: PET 11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O59021, methylmalonyl-CoA carboxytransferase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.931508 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.319191 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.62 詳細: PEG 550 MME 55w/v(%), Acetate, NaOH , pH 4.62, microbatch, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月2日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→24.5 Å / Num. all: 8858 / Num. obs: 8821 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 23.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 22.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 0.165 / Num. unique all: 560 / % possible all: 62.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BDO 解像度: 1.55→24.5 Å / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→24.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2
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