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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2euv | ||||||
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タイトル | Principles of protein-DNA recognition revealed in the structural analysis of Ndt80-MSE DNA complexes | ||||||
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![]() | CELL CYCLE/DNA / BETA-BARREL / IG-FOLD TRANSCRIPTION FACTOR / CELL CYCLE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() nuclear chromosome / meiotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / positive regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lamoureux, J.S. / Glover, J.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Principles of Protein-DNA Recognition Revealed in the Structural Analysis of Ndt80-MSE DNA Complexes. 著者: Lamoureux, J.S. / Glover, J.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4241.808 Da / 分子数: 1 / 変異: I200T / 由来タイプ: 合成 / 詳細: vG1C MSE DNA strand 1 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4316.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: vG1C MSE DNA strand 2 |
#3: タンパク質 | 分子量: 39590.527 Da / 分子数: 1 / Fragment: Ndt80 DNA-binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ndt80 / プラスミド: pGEX-6P1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% PEG 400, 50 mM bis-tris-propane pH 7.0, 100 mM NaCl, 50 mM CaCl2, and 2 mM DTT. 1:1 Molar ratio protein:DNA, protein at 20mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: KOHZU: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.072158 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→38.47 Å / Num. all: 35256 / Num. obs: 35256 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 5080 / Rsym value: 0.526 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB 1MNN - MINUS DNA AT SEQUENCE CHANGES AND 1 BASEPAIR ADJACENT TO THOSE CHANGES 解像度: 1.94→16.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.224 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.702 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→16.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20 /
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