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万見
- PDB-2esi: Complex between Kanamycin A and the 16S-Rrna A Site. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2esi
タイトルComplex between Kanamycin A and the 16S-Rrna A Site.
要素5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
キーワードRNA / RNA-AMINOGLYCOSIDE INTERACTIONS / A SITE / UOU PAIRS / AA BULGES
機能・相同性KANAMYCIN A / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Westhof, E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of complexes between aminoglycosides and decoding A site oligonucleotides: role of the number of rings and positive charges in the specific binding leading to miscoding
著者: Francois, B. / Russel, R.J.M. / Murray, J.B. / Aboul-ela, F. / Masquida, B. / Vicens, Q. / Westhof, E.
履歴
登録2005年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
B: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1645
ポリマ－14,7112
非ポリマー1,4533
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.380, 32.730, 52.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'


分子量: 7355.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence contains the bacterial A-Site
#2: 化合物 ChemComp-KAN / KANAMYCIN A


分子量: 484.499 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36N4O11 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: MPD, NACL, MGSO4, GLYCEROL, NA CACODYLATE, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2NACL11
3MGSO411
4GLYCEROL11
5NA CACODYLATE11
6H2O11
7MPD12
8NACL12
9MGSO412
10NA CACODYLATE12
11H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.936 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 4500 / Num. obs: 2454 / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→30 Å / σ(F): 1
立体化学のターゲット値: G. PARKINSON, J. VOJTECHOVSKY, L. CLOWNEY, A.T. BRUNGER, H.M. BERMAN, NEW PARAMETERS FOR THE REFINEMENT OF NUCLEIC ACIDCONTAINING STRUCTURES, ACTA CRYST. D, 52,57-64 (1996)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2656 233 -RANDOM
Rwork0.2015 ---
all-3223 --
obs-2454 76.1 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 932 99 34 1065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0067
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.1613
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d11.257
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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