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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2es4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Burkholderia glumae lipase-specific foldase in complex with its cognate lipase | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / protein-protein complex / steric chaperone / triacylglycerol hydrolase / all alpha helix protein / a/b hydrolase fold / extensive interaction area | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / unfolded protein binding / protein folding / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia glumae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Pauwels, K. / Wyns, L. / Tommassen, J. / Savvides, S.N. / Van Gelder, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Structure of a membrane-based steric chaperone in complex with its lipase substrate. 著者: Pauwels, K. / Lustig, A. / Wyns, L. / Tommassen, J. / Savvides, S.N. / Van Gelder, P. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005 タイトル: Crystallization and crystal manipulation of a steric chaperone in complex with its lipase substrate 著者: Pauwels, K. / Loris, R. / Vandenbussche, G. / Ruysschaert, J.-M. / Wyns, L. / Van Gelder, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2es4.cif.gz | 247.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2es4.ent.gz | 194.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2es4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2es4_validation.pdf.gz | 471.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2es4_full_validation.pdf.gz | 490.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2es4_validation.xml.gz | 50.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2es4_validation.cif.gz | 74.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/2es4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/2es4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1cvlS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & D and chains B & E) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33117.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Burkholderia glumae (バクテリア) / 細胞内の位置: extracellular / 株: PG1 参照: UniProt: Q05489, UniProt: P0DUB8*PLUS, triacylglycerol lipase #2: タンパク質 | 分子量: 35236.238 Da / 分子数: 2 / Fragment: periplasmic C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia glumae (バクテリア) 遺伝子: lifO, lipB / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: Q05490 #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-IOD / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20 % PEG3350, 0.2 M KI, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 119154 / Num. obs: 120503 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.077 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / % possible obs: 91.3 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 3.85 / Num. measured obs: 10920 / Χ2: 1.034 / % possible all: 91.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CVL 解像度: 1.85→40 Å /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→40 Å
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