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万見
- PDB-2erl: PHEROMONE ER-1 FROM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2erl
タイトルPHEROMONE ER-1 FROM
要素MATING PHEROMONE ER-1
キーワードPHEROMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


pheromone activity / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pheromone ER-1 / Pheromone Er-1, protozoan / Protozoan pheromone superfamily / Pheromone, protozoan / Euplotes raikovi mating pheromone / Pheromone ER-1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Mating pheromone Er-1/Er-3
類似検索 - 構成要素
生物種Euplotes raikovi (真核生物)
手法X線回折 / 解像度: 1 Å
データ登録者Anderson, D.H. / Weiss, M.S. / Eisenberg, D.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: A challenging case for protein crystal structure determination: the mating pheromone Er-1 from Euplotes raikovi.
著者: Anderson, D.H. / Weiss, M.S. / Eisenberg, D.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: A Cooperative Model for Receptor Recognition and Cell Adhesion: Evidence from the Molecular Packing in the 1.6-A Crystal Structure of the Pheromone Er-1 from the Ciliated Protozoan Euplotes Raikovi
著者: Weiss, M.S. / Anderson, D.H. / Raffioni, S. / Bradshaw, R.A. / Ortenzi, C. / Luporini, P. / Eisenberg, D.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: The NMR Solution Structure of the Pheromone Er-1 from the Ciliated Protozoan Euplotes Raikovi
著者: Mronga, S. / Luginbuhl, P. / Brown, L.R. / Ortenzi, C. / Luporini, P. / Bradshaw, R.A. / Wuthrich, K.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystallization of the Euplotes Raikovi Mating Pheromone Er-1
著者: Anderson, D. / Raffioni, S. / Luporini, P. / Bradshaw, R.A. / Eisenberg, D.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Primary Structure of the Mating Pheromone Er-1 of the Ciliate Euplotes Raikovi
著者: Raffioni, S. / Luporini, P. / Chait, B.T. / Disper, S.S. / Bradshaw, R.A.
履歴
登録1995年12月20日処理サイト: BNL
置き換え1996年7月11日ID: 1ERL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MATING PHEROMONE ER-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4642
ポリマ－4,4181
非ポリマー461
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.910, 23.100, 23.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド MATING PHEROMONE ER-1


分子量: 4417.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euplotes raikovi (真核生物) / 参照: UniProt: P10774
#2: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 19.6 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 20 %
結晶化
*PLUS
温度: 298-301 K / pH: 3.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
14.4 mg/mlEr-11drop
20.068 Mammonium sulfate1drop
30.028 Msodium citrate1drop
43.33 %(v/v)ethanol1droppH3.50
50.12-0.15 Mammonium sulfate1reservoir
60.05 Msodium citrate1reservoirpH3.50
76 %(v/v)ethanol1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 0.7107
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年9月20日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7107 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→25.26 Å / Num. obs: 13659 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.054
反射
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Num. obs: 13461 / % possible obs: 92.4 % / Num. measured all: 101188

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解析

ソフトウェア
名称分類
MARRESEARCHデータ収集
SHELXL-93モデル構築
SHELXL-93精密化
MARデータ削減
SHELXL-93位相決定
精密化解像度: 1→25.25 Å / Num. parameters: 3121 / Num. restraintsaints: 3883 / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER (1991) ACTA CRYST. A47, 392-400
詳細: ANISOTROPIC TEMPERATURE FACTORS HAVE BEEN REFINED FOR THE NON-HYDROGEN ATOMS IN THIS ENTRY. HYDROGEN ATOMS HAVE ISOTROPIC U'S THAT ARE 1.2 TIMES THE ISOTROPIC U'S OF THE ATOMS ON WHICH THEY ...詳細: ANISOTROPIC TEMPERATURE FACTORS HAVE BEEN REFINED FOR THE NON-HYDROGEN ATOMS IN THIS ENTRY. HYDROGEN ATOMS HAVE ISOTROPIC U'S THAT ARE 1.2 TIMES THE ISOTROPIC U'S OF THE ATOMS ON WHICH THEY RIDE. THE QUANTITIES ON THE ANISOU RECORD FOR EACH HYDROGEN ATOM ARE THE EQUIVALENT-TO-ISOTROPIC U'S.
Rfactor%反射
Rfree0.165 -
obs0.129 93.8 %
溶媒の処理溶媒モデル: DRIESSEN, ET AL., (1989) J.APPL.CRYST. 22, 510-516
Refine analyzeNum. disordered residues: 4 / Occupancy sum non hydrogen: 1
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→25.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数319 0 3 20 342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.206
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.089
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.078
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.083
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 93 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.129 / 最低解像度: 26 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.1292
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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