PDB-2eo6: Solution structure of the SH2 domain from mouse B-cell linker pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2eo6

タイトル

Solution structure of the SH2 domain from mouse B-cell linker protein BLNK

要素

B-cell linker protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / sh2 / Cytoplasmic adapter protein / B-cell adapter containing SH2 domain protein / B-cell adapter containing Src homology 2 domain protein / Src homology 2 domain-containing leukocyte protein of 65 kDa / Slp-65 / Lymphocyte antigen 57 / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / B cell activation / phospholipase binding / signaling adaptor activity / SH2 domain binding / protein tyrosine kinase binding / B cell receptor signaling pathway / molecular condensate scaffold activity / intracellular signal transduction / intracellular membrane-bounded organelle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Sano, R. / Hayashi, F. / Kurosaki, C. / Yoshida, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the SH2 domain from mouse B-cell linker protein BLNK
著者: Sano, R. / Hayashi, F. / Kurosaki, C. / Yoshida, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年3月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2eo6.cif.gz	838.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2eo6.ent.gz	703.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2eo6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2eo6_validation.pdf.gz	344.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2eo6_full_validation.pdf.gz	503.2 KB	表示
XML形式データ	2eo6_validation.xml.gz	60.5 KB	表示
CIF形式データ	2eo6_validation.cif.gz	74.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/2eo6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/2eo6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6jet-1 6jeu-2 1rl4-2 1w4s-d 4q4n-d 4q4t-d 5kbk-d 3ne0-d 5dmd-2 2xpo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ar_001000487.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: B-cell linker protein

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	B-cell linker protein / Cytoplasmic adapter protein / B-cell adapter containing SH2 domain protein / B-cell adapter ...Cytoplasmic adapter protein / B-cell adapter containing SH2 domain protein / B-cell adapter containing Src homology 2 domain protein / Src homology 2 domain-containing leukocyte protein of 65 kDa / Slp-65 / Lymphocyte antigen 57 分子量: 15497.202 Da / 分子数: 1 / 断片: SH2 domain, UNP residues 330-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell free protein synthesis / 遺伝子: Blnk / プラスミド: P050815-08 / 参照: UniProt: Q9QUN3

#1: タンパク質

B-cell linker protein / Cytoplasmic adapter protein / B-cell adapter containing SH2 domain protein / B-cell adapter ...

分子量: 15497.202 Da / 分子数: 1 / 断片: SH2 domain, UNP residues 330-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell free protein synthesis / 遺伝子: Blnk / プラスミド: P050815-08 / 参照: UniProt: Q9QUN3

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
2	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.23 mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl (pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	900	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.9742	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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