PDB-2eg8: The crystal structure of E. coli dihydroorotase complexed with 5-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2eg8

タイトル

The crystal structure of E. coli dihydroorotase complexed with 5-fluoroorotic acid

要素

Dihydroorotase

キーワード

HYDROLASE / amidohydrolase / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 / 精密化 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Lee, M. / Maher, M.J. / Guss, J.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structures of Ligand-free and Inhibitor Complexes of Dihydroorotase from Escherichia coli: Implications for Loop Movement in Inhibitor Design
著者: Lee, M. / Chan, C.W. / Graham, S.C. / Christopherson, R.I. / Guss, J.M. / Maher, M.J.

履歴

登録	2007年2月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2eg8.cif.gz	153.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2eg8.ent.gz	120.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2eg8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2eg8_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2eg8_full_validation.pdf.gz	458.5 KB	表示
XML形式データ	2eg8_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	2eg8_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/2eg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/2eg8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2eg6C 2eg7C 1xgeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2z2a-d 2z27-d 2z25-d 2eg7-d 2z2b-1 2z29-d 2z28-d 2z26-d 5vgm-d 2z24-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (7) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Dihydroorotase

B: Dihydroorotase

ヘテロ分子

78.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.515, 79.708, 180.611
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The asymmetric unit contains one copy of the biological dimer.

#1: タンパク質	Dihydroorotase / DHOase 分子量: 38771.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PYRC / プラスミド: pBluescript / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X7014a / 参照: UniProt: P05020, dihydroorotase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FOT / 5-FLUORO-2,6-DIOXO-1,2,3,6-TETRAHYDROPYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID / 5-FLUOROOROTIC ACID / 5-フルオロオロト酸分子量: 174.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₃FN₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.53 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15-20% PEG 3350, 0.1M MES, 75mM MgCl2, 150mM KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月16日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 38700 / Num. obs: 36648 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 32.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.257 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2394 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MAR345dtb		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: 精密化
開始モデル: PDB entry 1XGE

1xge

解像度: 2.2→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 11.971 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22694	1838	5 %	RANDOM
R_work	0.17071	-	-	-
obs	0.17359	36648	94.7 %	-
all	-	38700	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.044 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.72 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.268 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5339	0	28	336	5703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	5490
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.357	1.961	7470
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.812	3	11587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.48	5	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.431	23.346	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.041	15	888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.972	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	844
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6141
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	5344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	3192
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.09	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.095	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.193	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.21	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.614	4	4391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.53	4	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.283	6	5508
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.28	8	2369
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.042	10	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	123	-
R_work	0.209	2394	-
obs	-	2394	89.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9042	0.1088	0.5505	1.7716	-0.5237	2.5779	-0.0606	-0.0207	-0.055	0.0888	0.0622	0.0705	-0.0689	-0.0111	-0.0017	-0.1963	0.0007	-0.016	-0.2295	-0.0319	-0.1163	30.411	40.2979	80.2533
2	1.8825	0.3678	1.0292	1.8041	1.2262	3.5659	0.0526	-0.0479	0.0617	0.0639	-0.023	-0.0515	0.1111	-0.5014	-0.0296	-0.058	-0.041	-0.0423	-0.1055	-0.0119	-0.0876	9.1572	14.7311	54.0318

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 346	4 - 346
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C - D	400 - 401	1
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	G	410	1
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	4 - 346	4 - 346
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	E - F	400 - 401	1
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	H	410	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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