PDB-2eg7: The crystal structure of E. coli dihydroorotase complexed with HDDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2eg7

タイトル

The crystal structure of E. coli dihydroorotase complexed with HDDP

要素

Dihydroorotase

キーワード

HYDROLASE / amidohydrolase / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 精密化 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lee, M. / Maher, M.J. / Guss, J.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structures of Ligand-free and Inhibitor Complexes of Dihydroorotase from Escherichia coli: Implications for Loop Movement in Inhibitor Design
著者: Lee, M. / Chan, C.W. / Graham, S.C. / Christopherson, R.I. / Guss, J.M. / Maher, M.J.

履歴

登録	2007年2月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2eg7.cif.gz	153.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2eg7.ent.gz	119.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2eg7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/2eg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/2eg7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2eg6C 2eg8C 1xgeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2z25-d 2z29-d 2z28-d 1xge-d 2eg6-d 2z27-d 3pan-d 2z2a-d 2eg8-d 3ou8-d 6cty-2 2z2b-1 6cty-1 1j79-d 3mjm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (7) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Dihydroorotase

B: Dihydroorotase

ヘテロ分子

78.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.585, 79.628, 180.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The asymmetric unit contains one copy of the biological dimer.

#1: タンパク質	Dihydroorotase / DHOase 分子量: 38771.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PYRC / プラスミド: pBluescript / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X7014a / 参照: UniProt: P05020, dihydroorotase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-OTD / 2-OXO-1,2,3,6-TETRAHYDROPYRIMIDINE-4,6-DICARBOXYLIC ACID / HDDP 分子量: 186.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₂O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15-20% PEG 3350, 0.1M MES, 75mM MgCl2, 150mM KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月30日 / 詳細: Bending magnet
放射	モノクロメーター: Ge 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9002 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. all: 51220 / Num. obs: 46251 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3201 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
Blu-Ice	Ice	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: 精密化
開始モデル: PDB entry 1XGE

1xge

解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 11.14 / SU ML: 0.161 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23533	2384	5.2 %	RANDOM
R_work	0.17989	-	-	-
obs	0.18272	46251	90.3 %	-
all	-	51220	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.045 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.89 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.79 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.199 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5388	0	30	346	5764

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	5528
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5036
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.394	1.959	7524
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.844	3	11650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.432	5	686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.84	23.333	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.356	15	889
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.113	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	5308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2685
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	3124
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	301
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.104	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.085	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.231	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.742	1.5	4420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.149	1.5	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.869	2	5565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.554	3	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.297	4.5	1958

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	163	-
R_work	0.286	3201	-
obs	-	3201	91.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6769	0.0626	0.6801	1.7926	-0.4583	2.4717	-0.0388	-0.0277	-0.0425	0.1208	0.049	0.024	-0.1077	0.0454	-0.0102	-0.1639	0.0142	-0.0165	-0.1704	-0.036	-0.152	30.3954	40.2881	80.355
2	1.634	0.3395	0.706	1.7089	1.0449	2.985	0.0217	0.0017	0.0227	0.0082	0.0562	-0.0576	0.1815	-0.4307	-0.0779	-0.0672	-0.0606	-0.0468	-0.0333	-0.0078	-0.134	9.0261	14.5892	54.2782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 346	4 - 346
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	4 - 346	4 - 346

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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