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万見
- PDB-2eg7: The crystal structure of E. coli dihydroorotase complexed with HDDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eg7
タイトルThe crystal structure of E. coli dihydroorotase complexed with HDDP
要素Dihydroorotase
キーワードHYDROLASE / amidohydrolase / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotase homodimeric type / Dihydroorotase signature 1. / Dihydroorotase signature 2. / Dihydroorotase, conserved site / Amidohydrolase family / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OTD / Dihydroorotase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 精密化 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lee, M. / Maher, M.J. / Guss, J.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structures of Ligand-free and Inhibitor Complexes of Dihydroorotase from Escherichia coli: Implications for Loop Movement in Inhibitor Design
著者: Lee, M. / Chan, C.W. / Graham, S.C. / Christopherson, R.I. / Guss, J.M. / Maher, M.J.
履歴
登録2007年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年10月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotase
B: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1768
ポリマ－77,5422
非ポリマー6346
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area25710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.585, 79.628, 180.652
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit contains one copy of the biological dimer.

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要素

#1: タンパク質 Dihydroorotase / DHOase


分子量: 38771.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PYRC / プラスミド: pBluescript / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X7014a / 参照: UniProt: P05020, dihydroorotase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-OTD / 2-OXO-1,2,3,6-TETRAHYDROPYRIMIDINE-4,6-DICARBOXYLIC ACID / HDDP


分子量: 186.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15-20% PEG 3350, 0.1M MES, 75mM MgCl2, 150mM KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月30日 / 詳細: Bending magnet
放射モノクロメーター: Ge 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 51220 / Num. obs: 46251 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3201 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
Blu-IceIceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 精密化
開始モデル: PDB entry 1XGE

1xge


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 11.14 / SU ML: 0.161 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23533 2384 5.2 %RANDOM
Rwork0.17989 ---
obs0.18272 46251 90.3 %-
all-51220 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.045 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.89 Å20 Å20 Å2
2--1.9 Å20 Å2
3----3.79 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.199 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5388 0 30 346 5764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225528
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.9597524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.844311650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4325686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.8423.333258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.35615889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1131545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021139
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21137
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.25308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.22685
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.23124
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1040.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0850.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2310.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1840.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7421.54420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1491.51375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86925565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.55432385
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2974.51958
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 163 -
Rwork0.286 3201 -
obs-3201 91.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67690.06260.68011.7926-0.45832.4717-0.0388-0.0277-0.04250.12080.0490.024-0.10770.0454-0.0102-0.16390.0142-0.0165-0.1704-0.036-0.15230.395440.288180.355
21.6340.33950.7061.70891.04492.9850.02170.00170.02270.00820.0562-0.05760.1815-0.4307-0.0779-0.0672-0.0606-0.0468-0.0333-0.0078-0.1349.026114.589254.2782
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 3464 - 346
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 3464 - 346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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