PDB-2efz: Solution Structure of an M-1 Conotoxin with a novel disulfide linkage

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2efz

タイトル

Solution Structure of an M-1 Conotoxin with a novel disulfide linkage

要素

M conotoxin Mr3.4

キーワード

TOXIN / M-CONOTOXIN MR3e

機能・相同性

Conotoxin / Conotoxin / ion channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Conotoxin mr3e

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics

データ登録者

Fang, W.H. / Du, W.H. / Han, Y.H. / Huang, F.J.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2007
タイトル: Solution structure of an M-1 conotoxin with a novel disulfide linkage
著者: Du, W.H. / Han, Y.H. / Huang, F.J. / Li, J. / Chi, C.W. / Fang, W.H.

履歴

登録	2007年2月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2efz.cif.gz	70 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2efz.ent.gz	47.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2efz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2efz_validation.pdf.gz	331.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2efz_full_validation.pdf.gz	409.7 KB	表示
XML形式データ	2efz_validation.xml.gz	5.6 KB	表示
CIF形式データ	2efz_validation.cif.gz	9.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/2efz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/2efz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e76 1gib 1kcp 1rmk
類似構造データ	6cgx-d 2n0x-d 1xy8-d 1kr8-d 1zpx-d 5ug5-d 1pqt-d 1y5c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: M conotoxin Mr3.4

1.75 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	M conotoxin Mr3.4 / M-1 Conotoxin 分子量: 1753.075 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-16 / 由来タイプ: 合成詳細: The sample is synthesized chemically. This sequence occurs naturally in Conus marmoreus. 参照: UniProt: Q5EHP3
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	2	2D NOESY
1	5	2	2D TOCSY
1	6	2	DQF-COSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2.0mM; 0.01% TFA; 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	2.0mM; 0.01% TFA; 99.99% D2O	99.99% D2O

試料状態

pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 294 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker Inc.	collection
TopSpin	1.3B	Bruker Inc.	解析
Sparky	3.113	Donald Kneller,Tack kuntz,Tom Forrin,Tom Goddard	データ解析
DYANA	1.5	Peter Guntert,Christian Mumenthaler and Torsten Herrmann	構造決定
Amber	5		精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structure are based on a total of 218 constraints, 190 are NOE-derived distance constraints, 13 dihedral constraints, 15 constraints from 3 hydrogen bonds and 3 disulfide bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)