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万見
- PDB-2ec6: Placopecten Striated Muscle Myosin II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ec6
タイトルPlacopecten Striated Muscle Myosin II
要素
  • Myosin essential light chain
  • Myosin heavy chain
  • Myosin regulatory light chain
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / muscle / rigor-like / actin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle myosin complex / myosin filament / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril / actin filament binding / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #1590 / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal ...Alpha-Beta Plaits - #1590 / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin essential light chain / Myosin regulatory light chain / Myosin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Placopecten magellanicus (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Yang, Y. / Brown, J. / Samudrala, G. / Reutzel, R. / Szent-Gyorgyi, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Rigor-like structures from muscle myosins reveal key mechanical elements in the transduction pathways of this allosteric motor.
著者: Yang, Y. / Gourinath, S. / Kovacs, M. / Nyitray, L. / Reutzel, R. / Himmel, D.M. / O'Neall-Hennessey, E. / Reshetnikova, L. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Brown, J.H. / Cohen, C.
履歴
登録2007年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat / Item: _entity.src_method
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin heavy chain
B: Myosin regulatory light chain
C: Myosin essential light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,8484
ポリマ－128,8083
非ポリマー401
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area57300 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)85.273, 50.366, 156.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Myosin heavy chain


分子量: 95832.875 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-838 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The source was obtained from the Marine Biological Laboratory (MBL)
由来: (組換発現) Placopecten magellanicus (無脊椎動物)
参照: UniProt: Q26079
#2: タンパク質 Myosin regulatory light chain / R-LC


分子量: 15354.388 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 23-156 / Mutation: Y84F, T151A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The source was obtained from the Marine Biological Laboratory (MBL)
由来: (組換発現) Placopecten magellanicus (無脊椎動物)
参照: UniProt: Q26069
#3: タンパク質 Myosin essential light chain / E-LC / Sulfhydryl light chain / SHLC


分子量: 17620.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The source was obtained from the Marine Biological Laboratory (MBL)
由来: (組換発現) Placopecten magellanicus (無脊椎動物)
参照: UniProt: Q26066
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 90mM CaCl2, 8.5% PEG 6K, 100mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.25→20 Å / Num. all: 21051 / Num. obs: 18825 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 3.25→20 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1852 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.25→20 Å / σ(F): 1.5 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 1724 -8.2
Rwork0.279 ---
obs0.279 18825 89.4 %-
all-21051 --
原子変位パラメータBiso mean: 39.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8545 0 1 31 8577

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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