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- PDB-2ebo: CORE STRUCTURE OF GP2 FROM EBOLA VIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ebo
タイトルCORE STRUCTURE OF GP2 FROM EBOLA VIRUS
要素EBOLA VIRUS ENVELOPE GLYCOPROTEIN
キーワードENVELOPE GLYCOPROTEIN / FILOVIRUS / EBOLA VIRUS / GP2 / COAT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #210 / : / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus - Mayinga (Zaire
1976)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Schneider, B.J. / Mcnally, M.L. / Milhollen, M.A. / Pang, J.X. / Kim, P.S.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Core structure of the envelope glycoprotein GP2 from Ebola virus at 1.9-A resolution.
著者: Malashkevich, V.N. / Schneider, B.J. / McNally, M.L. / Milhollen, M.A. / Pang, J.X. / Kim, P.S.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of the Simian Immunodeficiency Virus (Siv) Gp41 Core: Conserved Helical Interactions Underlie the Broad Inhibitory Activity of Gp41 Peptides
著者: Malashkevich, V.N. / Chan, D.C. / Chutkowski, C.T. / Kim, P.S.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Core Structure of Gp41 from the HIV Envelope Glycoprotein
著者: Chan, D.C. / Fass, D. / Berger, J.M. / Kim, P.S.
履歴
登録1998年12月24日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EBOLA VIRUS ENVELOPE GLYCOPROTEIN
B: EBOLA VIRUS ENVELOPE GLYCOPROTEIN
C: EBOLA VIRUS ENVELOPE GLYCOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6704
ポリマ－25,6343
非ポリマー351
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8070 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area11290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.660, 75.660, 67.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.851698, -0.033786, 0.522913), (-0.475861, -0.467666, 0.744878), (0.219383, -0.883265, -0.414393)3.00873, 33.22936, 11.88738
2given(0.851983, -0.476147, 0.217648), (-0.018012, -0.442191, -0.89674), (0.523242, 0.760111, -0.385322)10.61292, 25.3933, -21.71742

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要素

#1: タンパク質 EBOLA VIRUS ENVELOPE GLYCOPROTEIN


分子量: 8544.757 Da / 分子数: 3 / 断片: PROTEASE-RESISTANT FRAGMENT / 変異: C609A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus - Mayinga (Zaire, 1976) (エボラウイルス)
属: Ebola-like viruses / 生物種: Zaire ebolavirus / 株: Zaire Mayinga / 細胞内の位置: VIRAL MEMBRANE / 遺伝子: GP41 / Variant: ZAIRE ISOLATE / プラスミド: PMMHB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): GP41 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q05320
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
解説: TRIAL MODEL CONTAINED ONLY 36% OF THE ATOMS OF THE TARGET STRUCTURE.
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
216-18 %isopropanol1reservoir
3100 mMsodium acetate1reservoirpH4.6
4100-200 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.01
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.01 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 17326 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.92 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.309 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 86630
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.93 Å / % possible obs: 99.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.5精密化
CNS0.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MOF

1mof


解像度: 1.9→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1363158.21 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1758 10.2 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 17303 98.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 96.68 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20.23 Å20 Å2
2--0.65 Å20 Å2
3----1.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1806 0 1 214 2021
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.362.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.213
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.953
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.133.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 283 9.9 %
Rwork0.239 2579 -
obs--98.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.269
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.75
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.93 Å / Rfactor obs: 0.239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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