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- PDB-2e7s: Crystal structure of the yeast Sec2p GEF domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e7s
タイトルCrystal structure of the yeast Sec2p GEF domain
要素Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / COILED COIL / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ascospore-type prospore membrane formation / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / cellular bud tip / cell tip / cellular bud neck / mating projection tip / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / sporulation resulting in formation of a cellular spore / exocytosis ...ascospore-type prospore membrane formation / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / cellular bud tip / cell tip / cellular bud neck / mating projection tip / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / sporulation resulting in formation of a cellular spore / exocytosis / transport vesicle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / autophagy / protein transport / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
GDP/GTP exchange factor Sec2, N-terminal / Guanine nucleotide exchange factor RAB3IL/RAB3IP/Sec2 / GDP/GTP exchange factor Sec2p
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Fukai, S. / Sato, Y. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Asymmetric Coiled-Coil Structure with Guanine Nucleotide Exchange Activity
著者: Sato, Y. / Shirakawa, R. / Horiuchi, H. / Dohmae, N. / Fukai, S. / Nureki, O.
履歴
登録2007年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
B: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
C: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
D: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
E: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
F: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
G: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
H: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
I: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
J: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
K: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
L: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
M: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
N: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
O: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
P: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
Q: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
R: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
S: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
T: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,61020
ポリマ－315,61020
非ポリマー00
水4,720262
1
A: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
B: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5612
ポリマ－31,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19870 Å2
手法PISA
2
C: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
D: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5612
ポリマ－31,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
3
E: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
F: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5612
ポリマ－31,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20630 Å2
手法PISA
4
G: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
H: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5612
ポリマ－31,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
5
I: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
J: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5612
ポリマ－31,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18350 Å2
手法PISA
6
K: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
L: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5612
ポリマ－31,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
7
M: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
N: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5612
ポリマ－31,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
8
O: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
P: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5612
ポリマ－31,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19990 Å2
手法PISA
9
Q: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
R: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5612
ポリマ－31,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18490 Å2
手法PISA
10
S: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
T: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5612
ポリマ－31,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.937, 176.569, 181.453
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2 / GDP-GTP exchange factor SEC2


分子量: 15780.514 Da / 分子数: 20 / 断片: GEF DOMAIN, residues 31-160 / 変異: M115L/K121M/T142M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P17065
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.1736 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.2257 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50mM Tris, 10mM magnesium chloride, 3% isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月25日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 65695 / Num. obs: 65695 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 6357 / Rsym value: 0.422 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THIS IS A TWINNED STRUCTURE. THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L) -> (h, -k, -l) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.500.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.285 -RANDOM
Rwork0.229 --
all-65695 -
obs-65695 -
原子変位パラメータBiso mean: 138.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å / Luzzati sigma a obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19008 0 0 262 19270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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