PDB-2e7j: Crystal Structure of Sep-tRNA:Cys-tRNA Synthase from Archaeoglobu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e7j

タイトル

Crystal Structure of Sep-tRNA:Cys-tRNA Synthase from Archaeoglobus fulgidus

要素

Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase

キーワード

LYASE / seven-stranded bete-strand / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase / Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase activity / translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Fukunaga, R. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Insights into the Second Step of RNA-dependent Cysteine Biosynthesis in Archaea: Crystal Structure of Sep-tRNA:Cys-tRNA Synthase from Archaeoglobus fulgidus
著者: Fukunaga, R. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月4日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e7j.cif.gz	149 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e7j.ent.gz	117.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e7j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2e7j_validation.pdf.gz	461.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2e7j_full_validation.pdf.gz	490.4 KB	表示
XML形式データ	2e7j_validation.xml.gz	29.9 KB	表示
CIF形式データ	2e7j_validation.cif.gz	40.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/2e7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/2e7j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e7iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5or7-d 2e7i-1 3dap-d 2e7i-2 1dap-d 5wt4-1 1f06-d 4kk2-d 4jyx-6 3ly1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ar_001000847.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase

B: Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase

ヘテロ分子

84.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.174, 152.174, 92.531
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase / Hypothetical protein AF_0028 分子量: 41993.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / プラスミド: pet26b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O30207
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 80mM sodium acetate buffer (pH 4.4), 160mM NaCl, 1.00M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 42988 / Num. obs: 41908 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 41.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 26
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3445 / R_sym value: 0.445 / % possible all: 81.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SeMet structure

解像度: 2.4→48.12 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2886591.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	2099	5 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.202	41908	97.4 %	-
all	-	42988	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 55.9524 Å² / k_sol: 0.375703 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.32 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.38 Å	0.3 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.49 Å	0.42 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5474	0	50	81	5605

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.6
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.5
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.01
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	5.58	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	7.43	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	8.73	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	11.23	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.55 Å / R_factor R_free error: 0.021 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	335	5.5 %
R_work	0.334	5717	-
obs	-	-	85.9 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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