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- PDB-2e76: Crystal Structure of the Cytochrome b6f Complex with tridecyl-sti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2.0E+76
タイトルCrystal Structure of the Cytochrome b6f Complex with tridecyl-stigmatellin (TDS) from M.laminosus
要素
  • (Cytochrome b6-f complex subunit ...) x 5
  • Apocytochrome f
  • Cytochrome b6
  • Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / cytochrome F / rieske iron-sulfur protein / HEME CN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / quinol-cytochrome-c reductase activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / photosynthesis ...cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / quinol-cytochrome-c reductase activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / photosynthesis / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / plastocyanin oxidoreductase / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome f large domain / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB ...Single helix bin / plastocyanin oxidoreductase / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome f large domain / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily / Cytochrome B6-F complex subunit 5 / PetN / PetM family of cytochrome b6f complex subunit 7 / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / Single helix bin / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / : / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rudiment single hybrid motif / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / : / CHLOROPHYLL A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-OPC / Chem-SQD / Chem-TDS / Cytochrome b6 / Cytochrome b6-f complex subunit 4 ...BETA-CAROTENE / : / CHLOROPHYLL A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-OPC / Chem-SQD / Chem-TDS / Cytochrome b6 / Cytochrome b6-f complex subunit 4 / Cytochrome f / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種Mastigocladus laminosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Cramer, W.A. / Yamashita, E. / Zhang, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure of the Cytochrome b(6)f Complex: Quinone Analogue Inhibitors as Ligands of Heme c(n)
著者: Yamashita, E. / Zhang, H. / Cramer, W.A.
履歴
登録2007年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Apocytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
E: Cytochrome b6-f complex subunit 6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,05725
ポリマ－107,6518
非ポリマー9,40517
水905
1
A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Apocytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
E: Cytochrome b6-f complex subunit 6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子

A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Apocytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
E: Cytochrome b6-f complex subunit 6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,11450
ポリマ－215,30316
非ポリマー18,81134
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area88860 Å2
ΔGint-1003 kcal/mol
Surface area77840 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)157.227, 157.227, 363.295
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: X, X-Y+1, 1/6-Z.

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ACD

#1: タンパク質 Cytochrome b6


分子量: 24245.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83791
#3: タンパク質 Apocytochrome f


分子量: 31655.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83793
#4: タンパク質 Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / Plastohydroquinone:plastocyanin oxidoreductase iron-sulfur protein / ISP / RISP


分子量: 19422.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83794, EC: 1.10.99.1

-
Cytochrome b6-f complex subunit ... , 5種, 5分子 BEFGH

#2: タンパク質 Cytochrome b6-f complex subunit 4 / 17 kDa polypeptide


分子量: 17687.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83792
#5: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6-f complex subunit VI / Cytochrome b6-f complex subunit petL


分子量: 3504.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83795
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6-f complex subunit VII / Cytochrome b6-f complex subunit petM


分子量: 3843.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83796
#7: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit V / Cytochrome b6-f complex subunit petG


分子量: 4016.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83797
#8: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 8 / Cytochrome b6-f complex subunit VIII / Cytochrome b6-f complex subunit petN


分子量: 3276.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83798

-
非ポリマー , 10種, 22分子

#9: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#10: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#11: 化合物 ChemComp-OPC / (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE / DIOLEOYL-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 801.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H87NO8P / コメント: リン脂質*YM
#12: 化合物
ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド


分子量: 496.589 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#13: 化合物 ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#14: 化合物 ChemComp-TDS / 8-HYDROXY-5,7-DIMETHOXY-3-METHYL-2-TRIDECYL-4H-CHROMEN-4-ONE / TRIDECYL-STIGMATELLIN / トリデシルスチグマテリン


分子量: 418.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H38O5
#15: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#16: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#17: 化合物 ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.017107 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.558281 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→41.3 Å / Num. obs: 37057 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 97.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.41→41.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 15.94 / SU ML: 0.243 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.115 / ESU R Free: 0.426 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Many of the basic and novel features of the structure of the cyanobacterial b6f complex reported now in entries 2E74 (native), 2E75 (with ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Many of the basic and novel features of the structure of the cyanobacterial b6f complex reported now in entries 2E74 (native), 2E75 (with quinone analogue inhibitor NQNO), and 2E76 (with quinone analogue inhibitor TDS) were seen in the original 3.0 A structure that was refined in space group P61 (Science, 302:1009-, 2003; pdb entry, 1VF5). This structure was thought to be a co-complex with tridecyl-stigmatellin (TDS). This inference was based on: (i) the highest resolution of 3 A was obtained in the TDS co-crystals, the native structure having a poorer resolution; (ii) electron density outside the portal on the p-side of the quinone exchange cavity resembled the TDS ring. Because of the poorer resolution of the native complex at that time, it was not possible to check for the presence of this density in the native structure. Entry 2E74 reports a 3.0 A native structure obtained in the presence of Cd2+, which shows the density previously attributed to the TDS ring. The correct p-side position of TDS, reported in 2E76, and in agreement with its location in the C. reinhardtii b6f structure (entry 1Q90) was obtained when the DOPC lipid that was added to accelerate crystallization (PNAS,100: 5160-5163) was added after TDS. 2E76 also shows a unique second binding site for TDS on the n-side of the complex, close to the position of an axial ligand of heme cn. Entry 2E75 shows that the inhibitor NQNO occupies a similar n-side binding site. This site that is common to the binding of the two quinone analogue inhibitors implies that it is also the n-side binding site of plastoquinone. 2E74,2E75, and 2E76 were refined in space group P6122.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25563 1852 5 %RANDOM
Rwork0.18473 ---
obs0.18822 35129 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.768 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20.51 Å20 Å2
2--1.02 Å20 Å2
3----1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.41→41.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7467 0 640 5 8112
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0370.0228340
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.0422.08911387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.515952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.16224.164293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg27.18151246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.6721526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2420.21250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.026135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3970.25047
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3860.25482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2490.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2350.27
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.330.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.370.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.9381.54944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.0527739
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it16.75434250
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it21.7114.53641
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.408→3.496 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 120 -
Rwork0.21 2476 -
obs--96.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0059-1.86572.06978.1587-0.13082.702-0.3365-0.521-0.27021.68950.84791.0223-1.1058-0.533-0.51150.35190.27070.4967-0.05830.19730.0879-74.530875.242655.1095
23.14961.96432.11136.401-1.4373.73040.5099-0.0633-0.3485-0.0125-0.02182.1133-0.178-0.8957-0.4882-0.28740.1820.2929-0.04020.07670.6755-84.326469.831544.6672
32.68152.3661-3.09865.3203-3.90324.00340.2059-0.36970.73640.2309-0.27390.1917-0.35690.14430.068-0.0101-0.0271-0.0082-0.11010.12640.1327-44.673893.862217.7702
42.09171.6383-0.85583.5575-3.31153.41720.18530.0877-1.0223-1.0791-0.2839-0.39280.8980.19050.09860.38580.3605-0.39410.2043-0.72130.3237-64.16619.4696-19.5406
52.1280.05510.48162.41560.89751.17720.22180.7416-0.0263-0.0363-0.00310.12420.0739-0.0487-0.2188-0.15070.0969-0.08110.3389-0.1096-0.1004-69.152255.6639-7.2531
63.01782.8308-0.56722.7826-0.37351.04590.10350.32950.39680.0182-0.08090.0471-0.44430.0214-0.0226-0.0121-0.03090.0361-0.020.210.1743-39.388893.96937.9105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D100 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2D54 - 99
3X-RAY DIFFRACTION2D149 - 179
4X-RAY DIFFRACTION3D9 - 46
5X-RAY DIFFRACTION4C171 - 233
6X-RAY DIFFRACTION5C1 - 169
7X-RAY DIFFRACTION5C236 - 251
8X-RAY DIFFRACTION6C253 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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