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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2e6c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the stationary phase survival protein SurE from Thermus thermophilus HB8 cocrystallized with manganese and AMP | ||||||
![]() | 5'-nucleotidase surE | ||||||
![]() | HYDROLASE / SurE protein / cocrystal structure with manganese ion and AMP | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3'-nucleotidase activity / exopolyphosphatase activity / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Iwasaki, W. / Miki, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Stationary Phase Survival Protein SurE with Metal Ion and AMP 著者: Iwasaki, W. / Miki, K. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE 1 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 4 chain(s) ...BIOMOLECULE 1 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 4 chain(s) forming a tetramer. This protein is in a dimer-tetramer equilibrium in solution. It is unknown whether this protein is functional as a dimer or a tetramer. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 200.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 159.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | probably tetramer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26625.287 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.5, 0.75M ammonium sulfate, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 83555 / % possible obs: 100 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2E69 解像度: 2.05→46.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3382480.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.5791 Å2 / ksol: 0.374002 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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