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- PDB-1l5x: The 2.0-Angstrom resolution crystal structure of a survival prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l5x
タイトルThe 2.0-Angstrom resolution crystal structure of a survival protein E (SurE) homolog from Pyrobaculum aerophilum
要素Survival protein E
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / putative acid phosphatase / mixed alpha/beta protein / N-terminal Rossmann-fold like / novel C-terminal domain with beta-hairpin extensions
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-deoxynucleotidase activity / : / 5'-nucleotidase / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stationary-phase Survival Protein Sure Homolog; Chain: A, / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / Survival protein SurE / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / SurE-like phosphatase/nucleotidase superfamily / Survival protein SurE / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / 5'-nucleotidase SurE 1
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mura, C. / Katz, J.E. / Clarke, S.G. / Eisenberg, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure and Function of an Archaeal Homolog of Survival Protein E (SurE-alpha): An Acid Phosphatase with Purine Nucleotide Specificity
著者: Mura, C. / Katz, J.E. / Clarke, S.G. / Eisenberg, D.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure and Functional Analysis of the SurE Protein Identify a Novel Phosphatase Family
著者: Lee, J.Y. / Kwak, J.E. / Moon, J. / Eom, S.H. / Liong, E.C. / Pedelacq, J.-D. / Berendzen, J. / Suh, S.W.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Structure of Thermotoga maritima Stationary Phase Survival Protein SurE: A Novel Acid Phosphatase
著者: Zhang, R.-G. / Skarina, T. / Katz, J.E. / Beasley, S. / Khachatryan, A. / Vyas, S. / Arrowsmith, C.H. / Clarke, S. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2002年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 400COMPOUND THE FIRST STRUCTURE OF AN ARCHAEAL SURE, WITH STRONG SIMILARITY TO THE PROKARYOTIC SURE ...COMPOUND THE FIRST STRUCTURE OF AN ARCHAEAL SURE, WITH STRONG SIMILARITY TO THE PROKARYOTIC SURE STRUCTURE FROM THERMATOGA MARITIMA (SEE RELATED ENTRIES).
Remark 999SEQUENCE THE ADDITIONAL RESIDUES FROM SER 267 ONWARDS ARE CLONING ARTIFACTS (HIS-TAG AND LINKER).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Survival protein E
B: Survival protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,30111
ポリマ－61,5372
非ポリマー7659
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7600 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area21860 Å2
手法PISA
2
A: Survival protein E
B: Survival protein E
ヘテロ分子

A: Survival protein E
B: Survival protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,60322
ポリマ－123,0734
非ポリマー1,53018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+2/31
Buried area19960 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area38970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.500, 90.500, 129.951
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is thought to be the dimer found in the asymmetric unit of this deposition.

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要素

#1: タンパク質 Survival protein E / surE stationary-phase survival protein homolog


分子量: 30768.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 遺伝子: PAE2908 / プラスミド: pET-22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZU79
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.55
詳細: PEG 4000, sodium acetate, glycerol, Tris buffer, pH 8.55, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
温度: 19.8 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
111.4 mg/mlprotein1drop
20.083 MTris1reservoirpH8.55
321.7 %(v/v)PEG40001reservoir
40.17 Msodium acetate1reservoir
515 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97870, 0.97860, 0.96485
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月18日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97871
20.97861
30.964851
反射解像度: 2→100 Å / Num. all: 42129 / Num. obs: 42129 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.781 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.781 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 297069
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→19.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 195285.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2033 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all-40410 --
obs-40410 95.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.4539 Å2 / ksol: 0.393386 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.75 Å23.86 Å20 Å2
2--3.75 Å20 Å2
3----7.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4230 0 50 287 4567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.872.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 305 4.9 %
Rwork0.269 5886 -
obs--89.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3GOL.PARAMGOL.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ACY.PARAMACY.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 4.6 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.79
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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