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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2e6b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the stationary phase survival protein SurE from Thermus thermophilus HB8 in complex with magnesium and tungstate | ||||||
要素 | 5'-nucleotidase surE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / SurE protein / complex with magnesium and tungstate ions | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3'-nucleotidase activity / exopolyphosphatase activity / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Iwasaki, W. / Miki, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Crystal Structure of the Stationary Phase Survival Protein SurE with Metal Ion and AMP 著者: Iwasaki, W. / Miki, K. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE 1 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 4 chain(s) ...BIOMOLECULE 1 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 4 chain(s) forming a tetramer. This protein is in a dimer-tetramer equilibrium in solution. It is unknown whether this protein is functional as a dimer or a tetramer. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2e6b.cif.gz | 193.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2e6b.ent.gz | 153.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2e6b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2e6b_validation.pdf.gz | 498.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2e6b_full_validation.pdf.gz | 517 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2e6b_validation.xml.gz | 35.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2e6b_validation.cif.gz | 48.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/2e6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/2e6b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | probably tetramer |
-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 26625.287 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53W92, 5'-nucleotidase |
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-非ポリマー , 5種, 107分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-WO4 / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.5, 0.75M ammonium sulfate, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 46054 / % possible obs: 100 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2E69 解像度: 2.5→46.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2580632.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.2048 Å2 / ksol: 0.372867 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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