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万見
- PDB-2e6b: Crystal structure of the stationary phase survival protein SurE f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e6b
タイトルCrystal structure of the stationary phase survival protein SurE from Thermus thermophilus HB8 in complex with magnesium and tungstate
要素5'-nucleotidase surE
キーワードHYDROLASE / SurE protein / complex with magnesium and tungstate ions
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-nucleotidase activity / exopolyphosphatase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stationary-phase Survival Protein Sure Homolog; Chain: A, / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / Survival protein SurE / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / SurE-like phosphatase/nucleotidase superfamily / Survival protein SurE / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TUNGSTATE(VI)ION / 5'-nucleotidase SurE
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Iwasaki, W. / Miki, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the Stationary Phase Survival Protein SurE with Metal Ion and AMP
著者: Iwasaki, W. / Miki, K.
履歴
登録2006年12月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE 1 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 4 chain(s) ...BIOMOLECULE 1 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 4 chain(s) forming a tetramer. This protein is in a dimer-tetramer equilibrium in solution. It is unknown whether this protein is functional as a dimer or a tetramer.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-nucleotidase surE
B: 5'-nucleotidase surE
C: 5'-nucleotidase surE
D: 5'-nucleotidase surE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,73524
ポリマ－106,5014
非ポリマー2,23320
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19410 Å2
ΔGint-310 kcal/mol
Surface area35190 Å2
手法PISA, PQS
2
A: 5'-nucleotidase surE
B: 5'-nucleotidase surE
C: 5'-nucleotidase surE
D: 5'-nucleotidase surE
ヘテロ分子

A: 5'-nucleotidase surE
B: 5'-nucleotidase surE
C: 5'-nucleotidase surE
D: 5'-nucleotidase surE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,46948
ポリマ－213,0028
非ポリマー4,46740
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area41620 Å2
ΔGint-628 kcal/mol
Surface area67570 Å2
手法PISA
3
A: 5'-nucleotidase surE
B: 5'-nucleotidase surE
C: 5'-nucleotidase surE
D: 5'-nucleotidase surE
ヘテロ分子

A: 5'-nucleotidase surE
B: 5'-nucleotidase surE
C: 5'-nucleotidase surE
D: 5'-nucleotidase surE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,46948
ポリマ－213,0028
非ポリマー4,46740
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area40320 Å2
ΔGint-626 kcal/mol
Surface area68870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.018, 132.018, 130.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細probably tetramer

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
5'-nucleotidase surE / Stationary Phase Survival Protein SurE / Nucleoside 5'-monophosphate phosphohydrolase


分子量: 26625.287 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53W92, 5'-nucleotidase

-
非ポリマー , 5種, 107分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.5, 0.75M ammonium sulfate, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 46054 / % possible obs: 100 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2E69

2e69


解像度: 2.5→46.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2580632.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 2293 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 45984 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.2048 Å2 / ksol: 0.372867 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.58 Å25.44 Å20 Å2
2--3.58 Å20 Å2
3----7.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7241 0 86 87 7414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.971.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.872
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.092.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 380 5 %
Rwork0.241 7211 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CIS_PEPTIDE.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMGOL.TOP
X-RAY DIFFRACTION5GOL.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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