PDB-2e3u: Crystal structure analysis of Dim2p from Pyrococcus horikoshii OT3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e3u

タイトル

Crystal structure analysis of Dim2p from Pyrococcus horikoshii OT3

要素

Hypothetical protein PH1566

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / pre-ribosomal RNA processing factor

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Tanokura, M. / Jia, M.Z.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of Dim2p: a preribosomal RNA processing factor, from Pyrococcus horikoshii OT3 at 2.30 A
著者: Jia, M.Z. / Ohtsuka, J. / Lee, W.C. / Nagata, K. / Tanokura, M.

履歴

登録	2006年11月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e3u.cif.gz	47.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e3u.ent.gz	34.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/2e3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/2e3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tuaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fwh-d 3ntk-2 1a0o-3 6uxn-3 5u0k-5 3hix-5 1ffs-1 6uxp-1 6uxn-5 2g3v-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Hypothetical protein PH1566

25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.949, 47.450, 95.722
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hypothetical protein PH1566 / PH-DIM2P 分子量: 25189.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59282
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 9% PEG 3000, 0.1M cacodylate buffer, 0.2M Magnesium Chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14199 / B_iso Wilson estimate: 34.7 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TUA

1tua

解像度: 2.3→47.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 14.503 / SU ML: 0.173 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26258	467	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22756	-	-	-
obs	0.22926	9135	98.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.972 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1320	0	0	20	1340

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.466	1.984	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.997	5	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.636	22.364	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.835	15	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.369	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	207
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	956
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	609
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	915
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.177	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.208	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.839	1.5	858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.374	2	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.223	3	550
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.574	4.5	461

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	42	-
R_work	0.263	631	-
obs	-	-	95.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	21.1602	16.2043	1.186	14.2383	0.6711	5.1546	0.1204	-0.4035	0.4743	-0.0498	-0.4328	0.1573	-0.9645	-0.391	0.3124	0.142	0.063	0.0511	0.0747	0.0049	0.0747	15.9735	8.3291	-4.0481
2	3.5893	2.2351	3.3741	5.4381	-1.653	6.6549	-0.2904	-0.0151	-0.1326	0.4399	-0.1863	0.6286	0.5455	-0.9354	0.4767	0.1319	-0.0814	0.1206	0.198	-0.0697	0.0766	8.6899	-6.5575	-8.5528
3	16.0863	12.6489	-0.2778	18.3932	1.9283	6.9505	0.4469	-0.537	-0.7648	0.9086	-0.3225	-0.8246	1.28	0.2832	-0.1244	0.4036	0.0759	-0.033	0.0669	0.0623	-0.0334	19.9516	-10.1559	-2.5647
4	8.8206	-1.4306	-1.425	2.475	-0.996	3.9853	-0.0541	-0.5985	-0.0073	0.343	-0.2883	0.0276	0.4606	0.5096	0.3423	0.1763	0.0381	0.0406	0.1142	0.0204	0.0281	20.7644	-1.8852	-2.6104
5	27.0378	-8.0604	-4.7673	10.9709	6.7819	4.1946	0.3535	-1.0905	-0.3706	0.6786	-0.1851	0.3634	-0.1578	-0.0255	-0.1684	0.1526	-0.0821	0.0631	0.3277	-0.0296	-0.0375	5.8046	-1.4462	-2.7243
6	8.7721	1.4367	-3.1154	1.772	-1.1168	3.5369	0.1101	-0.3931	-0.4	0.3264	-0.2769	-0.2074	-0.0576	0.2336	0.1668	0.204	0.0218	-0.0239	0.1172	0.0296	0.055	24.4585	5.4278	-2.8188
7	3.271	3.8546	1.6858	4.8153	2.247	1.6601	-0.0748	0.1575	0.1712	0.0371	0.0506	0.0144	0.0042	-0.0962	0.0242	0.1378	0.0376	0.0107	0.1195	0.005	0.0903	19.6381	2.7651	-11.3924
8	7.3986	2.239	-0.3766	2.3661	1.2959	5.9289	0.0597	0.0182	-0.1593	0.3235	-0.0651	-0.0919	0.5201	0.0079	0.0054	0.1668	0.0097	-0.0098	0.0326	-0.0039	0.0718	19.0176	-6.3882	-16.0548
9	9.4645	0.1898	2.512	0.7083	1.6161	4.1464	0.0594	0.2766	0.0915	0.0497	-0.1633	-0.0093	-0.5128	-0.0058	0.1039	0.141	0.0057	-0.0161	0.0807	0.0123	0.0646	17.1925	2.3173	-21.83
10	0.0887	-0.0601	0.1885	0.0412	-0.2002	12.8682	0.52	-0.3478	0.7974	-1.5928	-1.2476	0.629	-0.7731	-2.4025	0.7276	-0.0993	0.1077	-0.2162	0.5704	-0.1119	0.394	1.0877	-1.9371	-30.3512
11	18.8525	-12.4305	-3.5166	12.768	5.7382	3.4923	0.088	0.0107	-0.5054	-0.0707	-0.2441	0.9878	0.5332	-0.5082	0.1561	0.0845	-0.1039	-0.001	0.1646	-0.021	0.075	7.3262	-11.3069	-31.8756
12	10.2711	10.3474	3.4557	10.9254	4.3432	2.6447	0.1707	-0.1645	-0.1005	0.3028	-0.1385	-0.2408	0.0766	-0.0355	-0.0323	0.1859	0.0294	-0.028	0.0856	-0.0102	0.0497	17.4281	-11.2522	-32.0259
13	0.9244	-0.4114	-0.7894	0.9722	-0.6359	6.685	-0.0476	-0.0431	0.0403	-0.2568	-0.1255	0.0302	-0.1555	-0.3401	0.1731	0.1222	-0.0016	-0.0118	0.1026	-0.0239	0.0678	16.4558	-2.5914	-25.4277
14	8.6064	0.9895	8.4016	3.6996	1.8703	8.4298	-0.5404	0.0575	0.6813	-0.1995	0.1155	0.09	-0.8989	-0.2215	0.4249	0.1997	0.0312	-0.0157	0.1262	0.017	0.0541	15.4337	1.4857	-33.0392
15	12.8041	5.6067	12.5815	2.4596	5.7467	24.67	-0.3523	-0.1059	0.4211	-0.4102	-0.5423	-0.0218	-0.6188	-1.8605	0.8946	0.165	0.0908	-0.1128	0.1576	0.0864	0.011	8.7266	-3.7655	-39.9491
16	13.95	-1.6802	10.2028	9.5326	1.4661	9.2173	0.2544	0.8012	-0.0068	-0.6537	-0.0957	0.1398	-0.1419	1.0241	-0.1586	0.1184	0.0007	-0.0007	0.215	0.0803	-0.0271	19.3406	-3.4152	-41.3616

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	33 - 38	33 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	39 - 49	39 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	50 - 60	50 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	61 - 70	61 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	71 - 76	71 - 76
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	77 - 88	77 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	89 - 99	89 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	100 - 113	100 - 113
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	114 - 125	114 - 125
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	126 - 138	126 - 138
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	139 - 148	139 - 148
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	149 - 156	149 - 156
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	157 - 177	157 - 177
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	178 - 187	178 - 187
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	188 - 195	188 - 195
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	196 - 204	196 - 204

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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