[日本語] English
万見
- PDB-2e3u: Crystal structure analysis of Dim2p from Pyrococcus horikoshii OT3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e3u
タイトルCrystal structure analysis of Dim2p from Pyrococcus horikoshii OT3
要素Hypothetical protein PH1566
キーワードRNA BINDING PROTEIN / pre-ribosomal RNA processing factor
機能・相同性
機能・相同性情報


KH domain protein, archaea / K Homology domain, type 1 / : / Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I) (327.11.2) / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain ...KH domain protein, archaea / K Homology domain, type 1 / : / Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I) (327.11.2) / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
K Homology domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tanokura, M. / Jia, M.Z.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of Dim2p: a preribosomal RNA processing factor, from Pyrococcus horikoshii OT3 at 2.30 A
著者: Jia, M.Z. / Ohtsuka, J. / Lee, W.C. / Nagata, K. / Tanokura, M.
履歴
登録2006年11月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32025年6月4日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein PH1566


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1901
ポリマ－25,1901
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.949, 47.450, 95.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein PH1566 / PH-DIM2P


分子量: 25189.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59282
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 9% PEG 3000, 0.1M cacodylate buffer, 0.2M Magnesium Chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14199 / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TUA

1tua


解像度: 2.3→47.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 14.503 / SU ML: 0.173 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26258 467 4.9 %RANDOM
Rwork0.22756 ---
obs0.22926 9135 98.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.972 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.26 Å20 Å20 Å2
2--1.33 Å20 Å2
3----3.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1320 0 0 20 1340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4661.9841793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9975164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.63622.36455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.83515271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3691516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02956
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.2915
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8391.5858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37421332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2233550
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5744.5461
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 42 -
Rwork0.263 631 -
obs--95.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
121.160216.20431.18614.23830.67115.15460.1204-0.40350.4743-0.0498-0.43280.1573-0.9645-0.3910.31240.1420.0630.05110.07470.00490.074715.97358.3291-4.0481
23.58932.23513.37415.4381-1.6536.6549-0.2904-0.0151-0.13260.4399-0.18630.62860.5455-0.93540.47670.1319-0.08140.12060.198-0.06970.07668.6899-6.5575-8.5528
316.086312.6489-0.277818.39321.92836.95050.4469-0.537-0.76480.9086-0.3225-0.82461.280.2832-0.12440.40360.0759-0.0330.06690.0623-0.033419.9516-10.1559-2.5647
48.8206-1.4306-1.4252.475-0.9963.9853-0.0541-0.5985-0.00730.343-0.28830.02760.46060.50960.34230.17630.03810.04060.11420.02040.028120.7644-1.8852-2.6104
527.0378-8.0604-4.767310.97096.78194.19460.3535-1.0905-0.37060.6786-0.18510.3634-0.1578-0.0255-0.16840.1526-0.08210.06310.3277-0.0296-0.03755.8046-1.4462-2.7243
68.77211.4367-3.11541.772-1.11683.53690.1101-0.3931-0.40.3264-0.2769-0.2074-0.05760.23360.16680.2040.0218-0.02390.11720.02960.05524.45855.4278-2.8188
73.2713.85461.68584.81532.2471.6601-0.07480.15750.17120.03710.05060.01440.0042-0.09620.02420.13780.03760.01070.11950.0050.090319.63812.7651-11.3924
87.39862.239-0.37662.36611.29595.92890.05970.0182-0.15930.3235-0.0651-0.09190.52010.00790.00540.16680.0097-0.00980.0326-0.00390.071819.0176-6.3882-16.0548
99.46450.18982.5120.70831.61614.14640.05940.27660.09150.0497-0.1633-0.0093-0.5128-0.00580.10390.1410.0057-0.01610.08070.01230.064617.19252.3173-21.83
100.0887-0.06010.18850.0412-0.200212.86820.52-0.34780.7974-1.5928-1.24760.629-0.7731-2.40250.7276-0.09930.1077-0.21620.5704-0.11190.3941.0877-1.9371-30.3512
1118.8525-12.4305-3.516612.7685.73823.49230.0880.0107-0.5054-0.0707-0.24410.98780.5332-0.50820.15610.0845-0.1039-0.0010.1646-0.0210.0757.3262-11.3069-31.8756
1210.271110.34743.455710.92544.34322.64470.1707-0.1645-0.10050.3028-0.1385-0.24080.0766-0.0355-0.03230.18590.0294-0.0280.0856-0.01020.049717.4281-11.2522-32.0259
130.9244-0.4114-0.78940.9722-0.63596.685-0.0476-0.04310.0403-0.2568-0.12550.0302-0.1555-0.34010.17310.1222-0.0016-0.01180.1026-0.02390.067816.4558-2.5914-25.4277
148.60640.98958.40163.69961.87038.4298-0.54040.05750.6813-0.19950.11550.09-0.8989-0.22150.42490.19970.0312-0.01570.12620.0170.054115.43371.4857-33.0392
1512.80415.606712.58152.45965.746724.67-0.3523-0.10590.4211-0.4102-0.5423-0.0218-0.6188-1.86050.89460.1650.0908-0.11280.15760.08640.0118.7266-3.7655-39.9491
1613.95-1.680210.20289.53261.46619.21730.25440.8012-0.0068-0.6537-0.09570.1398-0.14191.0241-0.15860.11840.0007-0.00070.2150.0803-0.027119.3406-3.4152-41.3616
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA33 - 3833 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2AA39 - 4939 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3AA50 - 6050 - 60
4X-RAY DIFFRACTION4AA61 - 7061 - 70
5X-RAY DIFFRACTION5AA71 - 7671 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6AA77 - 8877 - 88
7X-RAY DIFFRACTION7AA89 - 9989 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8AA100 - 113100 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9AA114 - 125114 - 125
10X-RAY DIFFRACTION10AA126 - 138126 - 138
11X-RAY DIFFRACTION11AA139 - 148139 - 148
12X-RAY DIFFRACTION12AA149 - 156149 - 156
13X-RAY DIFFRACTION13AA157 - 177157 - 177
14X-RAY DIFFRACTION14AA178 - 187178 - 187
15X-RAY DIFFRACTION15AA188 - 195188 - 195
16X-RAY DIFFRACTION16AA196 - 204196 - 204

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る