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万見
- PDB-2e2x: Sec14 Homology Module of Neurofibromin in complex with phosphatit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e2x
タイトルSec14 Homology Module of Neurofibromin in complex with phosphatitylethanolamine
要素Neurofibromin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Sec14 / PH superfold / PE / CRAL-TRIO domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / negative regulation of Schwann cell migration / Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / mast cell apoptotic process / negative regulation of mast cell proliferation / Schwann cell proliferation ...positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / negative regulation of Schwann cell migration / Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / mast cell apoptotic process / negative regulation of mast cell proliferation / Schwann cell proliferation / amygdala development / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / vascular associated smooth muscle cell proliferation / glutamate secretion, neurotransmission / negative regulation of Schwann cell proliferation / mast cell proliferation / negative regulation of leukocyte migration / regulation of intracellular signal transduction / regulation of cell-matrix adhesion / regulation of blood vessel endothelial cell migration / forebrain morphogenesis / cell communication / smooth muscle tissue development / hair follicle maturation / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / sympathetic nervous system development / camera-type eye morphogenesis / myeloid leukocyte migration / peripheral nervous system development / negative regulation of neurotransmitter secretion / phosphatidylcholine binding / myelination in peripheral nervous system / metanephros development / negative regulation of Ras protein signal transduction / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of long-term synaptic potentiation / endothelial cell proliferation / collagen fibril organization / regulation of bone resorption / regulation of postsynapse organization / artery morphogenesis / neural tube development / adrenal gland development / negative regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of protein import into nucleus / forebrain astrocyte development / negative regulation of astrocyte differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / spinal cord development / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / pigmentation / Rac protein signal transduction / oligodendrocyte differentiation / neuroblast proliferation / positive regulation of GTPase activity / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / negative regulation of cell-matrix adhesion / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of angiogenesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Schwann cell development / negative regulation of stem cell proliferation / skeletal muscle tissue development / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of MAPK cascade / extracellular matrix organization / positive regulation of endothelial cell proliferation / osteoclast differentiation / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of cell migration / stem cell proliferation / GTPase activator activity / wound healing / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / liver development / cerebral cortex development / brain development / visual learning / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / cognition / protein import into nucleus / Regulation of RAS by GAPs / osteoblast differentiation / long-term synaptic potentiation / MAPK cascade / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to heat / heart development / presynapse / regulation of gene expression / actin cytoskeleton organization / neuron apoptotic process / fibroblast proliferation / angiogenesis / Ras protein signal transduction
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / : / PH domain-like / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins (rasGAP) domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins (rasGAP) domain profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases ...Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / : / PH domain-like / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins (rasGAP) domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins (rasGAP) domain profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Rho GTPase activation protein / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PEV / PYROPHOSPHATE 2- / Neurofibromin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者D'Angelo, I. / Welti, S. / Scheffzek, K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The sec14 homology module of neurofibromin binds cellular glycerophospholipids: mass spectrometry and structure of a lipid complex
著者: Welti, S. / Fraterman, S. / D'Angelo, I. / Wilm, M. / Scheffzek, K.
#1: ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2006
タイトル: A novel bipartite phospholipid-binding module in the neurofibromatosis type 1 protein
著者: D'Angelo, I. / Welti, S. / Bonneau, F. / Scheffzek, K.
履歴
登録2006年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurofibromin
B: Neurofibromin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3036
ポリマ－63,5112
非ポリマー1,7924
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.100, 110.100, 121.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1821-

HOH

21B-1845-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Neurofibromin / Neurofibromin Sec-PH segment / Neurofibromatosis-related protein NF-1


分子量: 31755.285 Da / 分子数: 2 / 断片: NF1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21359
#2: 化合物 ChemComp-PEV / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 720.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H78NO8P / コメント: POPE, リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 5% PEG 4000, 0.25M NaPP, MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月6日
放射モノクロメーター: three diamond + Khozu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→15 Å / Num. obs: 52887 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.152
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 5687 / Rsym value: 0.334 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2D4Q

2d4q


解像度: 2.5→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.283 2411 Random
Rwork0.254 --
all0.262 49511 -
obs0.26 49260 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4028 0 116 74 4218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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