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- PDB-2d4q: Crystal structure of the Sec-PH domain of the human neurofibromat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d4q
タイトルCrystal structure of the Sec-PH domain of the human neurofibromatosis type 1 protein
要素Neurofibromin
キーワードSIGNALING PROTEIN / CRAL_TRIO / PH / TRITON x-100 / BETA HAIRPIN / Sec14
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / Schwann cell proliferation / Schwann cell migration / negative regulation of mast cell proliferation ...positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / Schwann cell proliferation / Schwann cell migration / negative regulation of mast cell proliferation / mast cell apoptotic process / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / vascular associated smooth muscle cell proliferation / mast cell proliferation / glutamate secretion, neurotransmission / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of neurotransmitter secretion / forebrain morphogenesis / regulation of cell-matrix adhesion / hair follicle maturation / regulation of blood vessel endothelial cell migration / cell communication / camera-type eye morphogenesis / smooth muscle tissue development / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / myeloid leukocyte migration / sympathetic nervous system development / peripheral nervous system development / myelination in peripheral nervous system / phosphatidylcholine binding / metanephros development / negative regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / phosphatidylethanolamine binding / collagen fibril organization / endothelial cell proliferation / regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of bone resorption / regulation of postsynapse organization / neural tube development / artery morphogenesis / forebrain astrocyte development / negative regulation of neuroblast proliferation / adrenal gland development / negative regulation of protein import into nucleus / pigmentation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / spinal cord development / Rac protein signal transduction / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of osteoclast differentiation / oligodendrocyte differentiation / negative regulation of astrocyte differentiation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / neuroblast proliferation / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of angiogenesis / negative regulation of MAPK cascade / Schwann cell development / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of stem cell proliferation / skeletal muscle tissue development / negative regulation of fibroblast proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell proliferation / extracellular matrix organization / positive regulation of GTPase activity / osteoclast differentiation / GTPase activator activity / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of cell migration / liver development / stem cell proliferation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / wound healing / brain development / visual learning / cerebral cortex development / long-term synaptic potentiation / cognition / protein import into nucleus / Regulation of RAS by GAPs / osteoblast differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / MAPK cascade / presynapse / cellular response to heat / heart development / actin cytoskeleton organization / regulation of gene expression / fibroblast proliferation / neuron apoptotic process / angiogenesis / Ras protein signal transduction / response to hypoxia
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / : / PH domain-like / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases ...Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / : / PH domain-like / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Rho GTPase activation protein / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE 2- / Neurofibromin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.3 Å
データ登録者D'angelo, I. / Welti, S. / Bonneau, F. / Scheffzek, K.
引用
ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2006
タイトル: A novel bipartite phospholipid-binding module in the neurofibromatosis type 1 protein
著者: D'angelo, I. / Welti, S. / Bonneau, F. / Scheffzek, K.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004
タイトル: Expression, purification and preliminary crystallographic characterization of a novel segment from the neurofibromatosis type 1 protein.
著者: Bonneau, F. / D'angelo, I. / Welti, S. / Ylanne, J. / Stier, G. / Scheffzek, K.
履歴
登録2005年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurofibromin
B: Neurofibromin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5656
ポリマ－58,9202
非ポリマー1,6464
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.5, 113.5, 125.6
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Neurofibromin / Neurofibromatosis-related protein NF-1


分子量: 29459.754 Da / 分子数: 2 / 断片: Sec14 homology domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: neurofibromin / プラスミド: PETM11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21359
#2: 化合物 ChemComp-OXN / OXTOXYNOL-10 / ALPHA-[4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)PHENYL]-OMEGA-HYDROXYPOLY(OXY-1,2-ETHANEDIYL) / TRITON X-100 / 29-[4-(1,1,3,3-テトラメチルブチル)フェノキシ]-3,6,9,12,15,18,21,24,27-ノナオ(以下略)


分子量: 646.849 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H62O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.260
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2911蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6Na4P2O7, MES, PEG 4000, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
2912蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6NaH2PO, NaCl, sodium acetate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月5日 / 詳細: Toroidal Zerodur mirror, radii of 4.9km and 79mm
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→15 Å / Num. obs: 37204 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.48 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 17554 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.3→15 Å / Isotropic thermal model: overall / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Refmac, CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1722 -RANDOM
Rwork0.24 ---
all0.33 34893 --
obs0.33 34716 99.5 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0 Å0 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4141 0 66 113 4320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 251 -
Rwork0.28 --
obs-4834 94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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