PDB-2e0n: Crystal structure of CbiL in complex with S-adenosylhomocysteine,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e0n

タイトル

Crystal structure of CbiL in complex with S-adenosylhomocysteine, a methyltransferase involved in anaerobic vitamin B12 biosynthesis

要素

Precorrin-2 C20-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / precorrin-2 / cobalt-factor II / tetrapyrrole / S-adenosylmethionine

機能・相同性

機能・相同性情報

precorrin-2 C20-methyltransferase / precorrin-2 C20-methyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorobaculum tepidum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wada, K. / Fukuyama, K.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of CbiL, a methyltransferase involved in anaerobic vitamin B biosynthesis, and CbiL in complex with S-adenosylhomocysteine--implications for the reaction mechanism.
著者: Wada, K. / Harada, J. / Yaeda, Y. / Tamiaki, H. / Oh-Oka, H. / Fukuyama, K.

履歴

登録	2006年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e0n.cif.gz	105.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e0n.ent.gz	81.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e0n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2e0n_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2e0n_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	2e0n_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	2e0n_validation.cif.gz	31.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/2e0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/2e0n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e0kSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1s4d-1 3os8-1 3ndc-d 3os8-2 1t77-4 3wnz-d 1dg6-1 1x3m-d 3fdh-d 1u8x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Precorrin-2 C20-methyltransferase

B: Precorrin-2 C20-methyltransferase

ヘテロ分子

56 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.822, 87.822, 123.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-364- HOH

詳細

The biological assembly is a homodimer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Precorrin-2 C20-methyltransferase 分子量: 27595.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlorobaculum tepidum (バクテリア) 遺伝子: cbiL / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8KFD9, precorrin-2 C20-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15% PEG 3350, 0.2M ammonium nitrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 33275 / Num. obs: 33275 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.2 % / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.7 % / R_sym value: 0.327 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
BSS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2E0K

2e0k

解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 8.182 / SU ML: 0.131 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26598	1679	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22263	-	-	-
obs	0.2248	31513	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.825 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3452	0	52	184	3688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	3564
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.978	2.012	4839
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.303	5	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.476	22.846	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.473	15	581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.687	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.152	0.2	581
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	2431
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.241	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.238	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.984	1.5	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.499	2	3734
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.125	3	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.126	4.5	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	111	-
R_work	0.242	2197	-
obs	-	-	96.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8769	-1.267	2.4251	4.9121	-0.4549	3.1081	0.4846	0.0386	-0.5985	0.0348	-0.0631	0.3504	0.5621	0.0783	-0.4215	0.1006	-0.0036	-0.0989	-0.1478	-0.0279	0.0224	29.642	1.89	29.437
2	6.294	0.287	0.5468	8.6414	2.1902	4.6868	0.3722	-0.3869	-0.8345	1.3063	0.1368	-0.7464	1.2756	0.3422	-0.509	0.3524	0.0552	-0.2283	-0.0643	0.0511	0.0687	38.274	1.273	37.602
3	5.2051	-0.0929	1.2337	3.2854	1.4257	2.6686	0.0237	-0.9422	0.3348	0.4912	-0.4455	1.0934	0.2206	-0.7722	0.4218	-0.0498	-0.0982	0.2126	0.1649	-0.1669	0.2886	16.899	20.119	41.363
4	9.5466	-3.2319	-0.6216	13.5863	-2.7407	0.7377	0.4432	0.0249	-0.1111	-0.8226	-0.0275	2.5116	0.4694	0.3618	-0.4157	0.7774	0.0919	-0.2546	0.2007	-0.235	0.3929	10.36	18.585	38.274
5	4.603	-1.7915	2.5055	6.6459	-0.8069	3.4457	-0.2595	0.9065	0.759	-1.2108	-0.1644	-0.1061	-0.4919	0.4619	0.4239	0.2823	-0.0538	-0.0903	0.0609	0.1991	-0.0049	29.965	27.889	15.966
6	3.4791	-0.2047	1.0711	5.541	-1.0523	5.3612	-0.0217	0.4691	1.0615	-0.953	-0.0107	1.2832	-0.6079	-0.6293	0.0324	0.1806	0.1304	-0.2884	0.0449	0.1734	0.4417	17.801	30.711	18.213
7	3.8001	0.6112	1.1991	3.63	0.9313	2.7951	-0.0799	-0.3459	0.6947	0.2046	-0.1105	-0.0191	-0.3213	0.1398	0.1904	0.0068	-0.0635	-0.007	-0.0511	-0.0496	0.0822	38.202	28.794	39.692
8	2.8924	-0.2456	0.6015	3.5798	-1.5529	4.1553	0.1221	-0.2323	0.3818	0.1237	-0.1258	-0.2444	-0.078	0.3945	0.0037	-0.0904	-0.0857	-0.0467	-0.0492	-0.012	0.0122	43.902	25.739	38.884

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 60	5 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	61 - 127	61 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	128 - 215	128 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	216 - 242	216 - 242
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	6 - 78	6 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	79 - 129	79 - 129
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	130 - 219	130 - 219
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	220 - 245	220 - 245

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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