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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dyy
タイトルCrystal structure of putative translation initiation inhibitor PH0854 from Pyrococcus horikoshii
要素UPF0076 protein PH0854
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Putative translation initiation inhibitor / Pyrococcus horikoshii / trimer / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


deaminase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / RutC-like / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RutC family protein PH0854
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ihsanawati / Kishishita, S. / Murayama, K. / Chen, L. / Liu, Z.J. / Wang, B.C. / Shirouzu, M. / Bessho, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative translation initiation inhibitor PH0854 from Pyrococcus horikoshii
著者: Ihsanawati / Kishishita, S. / Murayama, K. / Chen, L. / Liu, Z.J. / Wang, B.C. / Shirouzu, M. / Bessho, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2006年9月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: UPF0076 protein PH0854
B: UPF0076 protein PH0854
C: UPF0076 protein PH0854
D: UPF0076 protein PH0854
E: UPF0076 protein PH0854
F: UPF0076 protein PH0854
G: UPF0076 protein PH0854
H: UPF0076 protein PH0854
I: UPF0076 protein PH0854
J: UPF0076 protein PH0854
K: UPF0076 protein PH0854
L: UPF0076 protein PH0854


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,62612
ポリマ－168,62612
非ポリマー00
水4,197233
1
A: UPF0076 protein PH0854
B: UPF0076 protein PH0854
C: UPF0076 protein PH0854


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1573
ポリマ－42,1573
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area14870 Å2
手法PISA
2
D: UPF0076 protein PH0854
E: UPF0076 protein PH0854
F: UPF0076 protein PH0854


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1573
ポリマ－42,1573
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area14210 Å2
手法PISA
3
G: UPF0076 protein PH0854
H: UPF0076 protein PH0854
I: UPF0076 protein PH0854


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1573
ポリマ－42,1573
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area14400 Å2
手法PISA
4
J: UPF0076 protein PH0854
K: UPF0076 protein PH0854
L: UPF0076 protein PH0854


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1573
ポリマ－42,1573
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area14560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.490, 43.090, 170.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.51, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質
UPF0076 protein PH0854 / Putative translation initiation inhibitor


分子量: 14052.204 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: O58584
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2M NaCl, 0.1M TrisHCl pH 7.0, 30% (w/v) PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 44546 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / % possible all: 80.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XRG

1xrg


解像度: 2.6→29.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1706561.8 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 2048 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 40877 96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.6057 Å2 / ksol: 0.35284 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.23 Å20 Å25.03 Å2
2--9.19 Å20 Å2
3---1.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11228 0 0 233 11461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 297 5.2 %
Rwork0.261 5444 -
obs--82.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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