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- PDB-2bvw: CELLOBIOHYDROLASE II (CEL6A) FROM HUMICOLA INSOLENS IN COMPLEX WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bvw
タイトルCELLOBIOHYDROLASE II (CEL6A) FROM HUMICOLA INSOLENS IN COMPLEX WITH GLUCOSE AND CELLOTETRAOSE
要素CELLOBIOHYDROLASE II
キーワードHYDROLASE / CELLULOSE DEGRADATION / CELLOBIOHYDROLASE / CELLULASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 6
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
1, 4-beta cellobiohydrolase / Glycosyl hydrolases family 6 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 6 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 6, conserved site / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase superfamily / Glycosyl hydrolases family 6 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily ...1, 4-beta cellobiohydrolase / Glycosyl hydrolases family 6 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 6 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 6, conserved site / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase superfamily / Glycosyl hydrolases family 6 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellotetraose / alpha-cellotriose / beta-D-glucopyranose / Exoglucanase-6A
類似検索 - 構成要素
生物種Humicola insolens (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Varrot, A. / Davies, G.J. / Schulein, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Structural changes of the active site tunnel of Humicola insolens cellobiohydrolase, Cel6A, upon oligosaccharide binding.
著者: Varrot, A. / Schulein, M. / Davies, G.J.
履歴
登録1999年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32019年12月25日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLOBIOHYDROLASE II
B: CELLOBIOHYDROLASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,64715
ポリマ－80,0292
非ポリマー2,61813
水11,115617
1
A: CELLOBIOHYDROLASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,63510
ポリマ－40,0151
非ポリマー1,6219
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CELLOBIOHYDROLASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0125
ポリマ－40,0151
非ポリマー9984
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.560, 154.430, 51.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.51751, -0.05441, 0.85394), (-0.04213, -0.99839, -0.03809), (0.85464, -0.01627, -0.51897)
ベクター: -35.10673, 38.94375, -23.87365)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CELLOBIOHYDROLASE II / CELLULASE / CEL6A


分子量: 40014.512 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC CORE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-LINKED N-ACETYLGLUCOSAMINE ON RESIDUE ASN 141 / 由来: (組換発現) Humicola insolens (菌類) / 解説: FULL-LENGTH ENZYME OVER-EXPRESSED
プラスミド: UNDER CONTROL OF THE FUNGAL AMYLASE PROMOTER AND AMYLOGLUCOSIDASE TERMINATOR
発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌)
参照: UniProt: Q9C1S9, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)

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糖 , 4種, 6分子

#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-cellotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-cellotriose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 624分子

#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細CELLOTETRAOSE WITH ALPHA AND BETA OXYGENE AT C1 CELLOTRIOSE WITH ALPHA AND BETA OXYGENE AT C1 ...CELLOTETRAOSE WITH ALPHA AND BETA OXYGENE AT C1 CELLOTRIOSE WITH ALPHA AND BETA OXYGENE AT C1 GLUCOSE WITH ALPHA AND BETA OXYGENE AT C1 BETA N-LINKED
配列の詳細THERE IS A PRO-SEQUENCE OF 23 AMINO-ACIDS WHICH ARE POST-TRANSLATIONALLY CLEAVED TO YIELD A MATURE ...THERE IS A PRO-SEQUENCE OF 23 AMINO-ACIDS WHICH ARE POST-TRANSLATIONALLY CLEAVED TO YIELD A MATURE PROTEIN OF 450 RESIDUES. THE NUMBERING OF THE PROTEIN STRUCTURE ASSUMES THAT RESIDUE 1 IS THE FIRST RESIDUE OF THE MATURE PROTEIN AND HENCE DOES NOT INCLUDE THE LEADER SEQUENCE IN THE NUMBERING. ALSO, THIS STRUCTURE IS OF THE CATALYTIC CORE DOMAIN ONLY, WHICH COMMENCES AT RESIDUE TYR 89. IN THE CHAIN A THE FIRST RESIDUE OF THE CORE IS DISORDERED AND NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY, HENCE THIS ENTRY BEGINS AT RESIDUE ASN 90. IN THE CHAIN B ASN 90 IS DISORDERED SO IT BEGINS AT GLY 91.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 %
解説: SEARCH MODEL WAS CEL6A FROM HUMICOLA INSOLENS NATIVE STRUCTURE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop contains a 50:50(v/v) mix of protein and of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
119 mg/mlprotein1drop
220 mMbeta-D-cellobiose1reservoir
3200 mMammonium acetate1reservoir
4100 mMsodium acetate1reservoir
530 %PEG40001reservoirprecipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年7月1日 / 詳細: TORROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 72987 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 89.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CCP4精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BVW

1bvw


解像度: 1.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 3313 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
all-65198 --
obs-72987 89.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5622 0 173 617 6412
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0080.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0240.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.260.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5493
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.0825
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.4494
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.4016
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.01880.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1050.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1750.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2340.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1210.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.77
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor37.920
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: CCP4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.225
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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