PDB-5k21: Pyocyanin demethylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k21

タイトル

Pyocyanin demethylase

要素

Pyocyanin demethylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Demethylase Phenazine

機能・相同性

Allene oxide cyclase barrel-like domain / Allene oxide cyclase barrel like domain / Allene oxide cyclase/Dirigent protein / antibiotic biosynthetic process / isomerase activity / metal ion binding / membrane / phenazin-1-ol / Allene oxide cyclase barrel-like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum DSM 46621 = ATCC 6841 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Costa, K.C. / Glasser, N.R. / Newman, D.K.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	F32AI112248	米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	5R01HL117328-03	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Pyocyanin degradation by a tautomerizing demethylase inhibits Pseudomonas aeruginosa biofilms.
著者: Costa, K.C. / Glasser, N.R. / Conway, S.J. / Newman, D.K.

履歴

登録	2016年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.classification
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k21.cif.gz	204.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k21.ent.gz	167 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k21.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/5k21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/5k21	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1oc6-d 2bvw-1 5plh-d 5pj4-d 1ocj-d 4au0-2 6vp5-3 1qk2-2 5png-d 6vp5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyocyanin demethylase

B: Pyocyanin demethylase

C: Pyocyanin demethylase

ヘテロ分子

46.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.330, 72.980, 79.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pyocyanin demethylase 分子量: 15222.981 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum DSM 46621 = ATCC 6841 (バクテリア) 遺伝子: MFORT_14352 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K0V2D8
#2: 化合物	ChemComp-6QF / phenazin-1-ol / 1-hydroxyphenazine / フェナジン-1-オ-ル分子量: 196.205 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₈N₂O
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.87 % / 解説: Rods with dimensions of 50 x 50 x 100 micrometers
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% w/v PEG 8000, 200 mM NaCl, 200 micromolar 1-hydroxyphenazine, 1% DMSO, and 100 mM sodium phosphate dibasic/citric acid, pH 4.2 mixed 1:1 with 5 mg/mL protein in 20 mM Tris, pH 7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.03318 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→34.98 Å / Num. obs: 35992 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 25.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1765 / Net I/σ(I): 13.29

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1	精密化
XDS		データスケーリング
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→34.98 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
詳細: TLS groups generated by phenix.refine. Hydrogens in their riding positions.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1951	3644	10.1 %	Random
R_work	0.1679	-	-	-
obs	-	35987	99.98 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2644	0	48	213	2905

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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