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万見
- PDB-2dvj: phosphorylated Crk-II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dvj
タイトルphosphorylated Crk-II
要素V-crk sarcoma virus CT10 oncogene homolog, isoform a
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 / SH2 / signal transduction / adapter molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


response to hepatocyte growth factor / regulation of intracellular signal transduction / cellular response to endothelin / helper T cell diapedesis / cerebellar neuron development / response to cholecystokinin / postsynaptic specialization assembly / protein phosphorylated amino acid binding / regulation of T cell migration / response to peptide ...response to hepatocyte growth factor / regulation of intracellular signal transduction / cellular response to endothelin / helper T cell diapedesis / cerebellar neuron development / response to cholecystokinin / postsynaptic specialization assembly / protein phosphorylated amino acid binding / regulation of T cell migration / response to peptide / regulation of dendrite development / negative regulation of wound healing / response to yeast / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / reelin-mediated signaling pathway / negative regulation of cell motility / ARMS-mediated activation / MET receptor recycling / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / MET activates RAP1 and RAC1 / protein localization to membrane / regulation of GTPase activity / positive regulation of smooth muscle cell migration / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / establishment of cell polarity / regulation of cell adhesion mediated by integrin / dendrite development / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of signal transduction / ephrin receptor signaling pathway / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / cytoskeletal protein binding / ephrin receptor binding / insulin-like growth factor receptor binding / signaling adaptor activity / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to nitric oxide / Downstream signal transduction / SH2 domain binding / Regulation of signaling by CBL / protein tyrosine kinase binding / cell chemotaxis / FCGR3A-mediated phagocytosis / regulation of actin cytoskeleton organization / hippocampus development / positive regulation of JNK cascade / neuromuscular junction / response to hydrogen peroxide / cellular response to nerve growth factor stimulus / receptor tyrosine kinase binding / cerebral cortex development / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / lipid metabolic process / SH3 domain binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / kinase binding / neuron migration / cell migration / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / signaling receptor complex adaptor activity / actin cytoskeleton organization / positive regulation of cell growth / scaffold protein binding / cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / : / Variant SH3 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. ...CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / : / Variant SH3 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adapter molecule crk / Adapter molecule crk
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Kobashigawa, Y. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural basis for the transforming activity of human cancer-related signaling adaptor protein CRK.
著者: Kobashigawa, Y. / Sakai, M. / Naito, M. / Yokochi, M. / Kumeta, H. / Makino, Y. / Ogura, K. / Tanaka, S. / Inagaki, F.
履歴
登録2006年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-crk sarcoma virus CT10 oncogene homolog, isoform a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5251
ポリマ－25,5251
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 20structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 V-crk sarcoma virus CT10 oncogene homolog, isoform a / V-crk sarcoma virus CT10 oncogene homolog / Avian / phosphorylated Crk-II


分子量: 25525.066 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRK / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: Q96HJ0, UniProt: P46108*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

詳細内容: 0.8mM pYCrk-II (1-228) U-15N,13C; 200mM NaCl, 50mM phosphate buffer NA; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2Guntert P構造決定
CNS1.1Brunger AT精密化
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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