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- PDB-2dpw: Hpothetical Transferase Structure from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dpw
タイトルHpothetical Transferase Structure from Thermus thermophilus
要素Hypothetical protein TTHA0179
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Transferase / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MobA-like NTP transferase / MobA-like NTP transferase domain / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MobA-like NTP transferase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Rehse, P.H. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Hypothetical Transferase from Thermus thermophilus
著者: Rehse, P.H. / Yokoyama, S.
履歴
登録2006年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein TTHA0179
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5122
ポリマ－25,4891
非ポリマー231
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.190, 76.190, 196.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein TTHA0179


分子量: 25489.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta834 (DE3) / 参照: UniProt: Q5SLW4
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2
詳細: Lithium sulfate 1.2M, Sodium Acetate 0.1M, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.97894, 0.97933, 1.0000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月14日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978941
20.979331
311
Reflection冗長度: 19.34 % / Av σ(I) over netI: 26 / 数: 159800 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 0.95 / D res high: 2.9 Å / D res low: 39.65 Å / Num. obs: 8201 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
6.2439.65990.0460.8915.58405
4.966.241000.0590.8618.57108
4.334.961000.0550.8719.19143
3.944.331000.0630.8619.57134
3.653.941000.0870.9119.7117
3.443.651000.1160.9520.0288
3.273.441000.1530.9720.2165
3.123.271000.211.0320.2359
33.121000.2691.0620.3962
2.931000.3441.0520.5918
反射解像度: 2.9→38.09 Å / Num. all: 8150 / Num. obs: 8150 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.05 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 20.21 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / Num. measured all: 16205 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97894.29-8.8
13 wavelength20.97932.32-8.38
13 wavelength310.5-3.86
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se51.5430.0180.440.0360.8
2Se600.7230.9430.0310.349
Phasing dmFOM : 0.68 / FOM acentric: 0.68 / FOM centric: 0.69 / 反射: 8178 / Reflection acentric: 6157 / Reflection centric: 2021
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
2.9-3.10.360.370.3314671210257
3.1-3.60.590.590.5723981924474
3.6-4.10.770.80.6913631049314
4.1-5.20.870.880.8213791022357
5.2-8.30.870.90.831151760391
8.3-39.4650.910.950.88420192228

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0SSIデータスケーリング
SOLVE2.1位相決定
RESOLVE2.1位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→38.09 Å / FOM work R set: 0.784 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 441 5.4 %random
Rwork0.226 ---
all0.226 8101 --
obs0.226 8101 100 %-
溶媒の処理Bsol: 48.158 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 55.333 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.342 Å2-5.193 Å20 Å2
2---15.313 Å20 Å2
3---18.655 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→38.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1785 0 1 30 1816
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.9171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.0922
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.0992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.3562.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008161
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.58114
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.83781
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.10963
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.9-3.030.378590.31916975
3.03-3.190.359520.254936988
3.19-3.390.277430.223930973
3.39-3.650.275460.23952998
3.65-4.020.26550.217943998
4.02-4.60.316500.216948998
4.6-5.790.229650.2099771042
5.79-38.090.286710.24410581129
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4cis_peptide.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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