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万見
- PDB-2dpu: Crystal structure of the replication termination protein in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dpu
タイトルCrystal structure of the replication termination protein in complex with a pseudosymmetric 21mer B-site DNA
要素
  • 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*T)-3'
  • 5'-D(P*AP*TP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3'
  • Replication termination protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / protein-DNA complex / winged-helix / DNA replication / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication termination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Replication terminator protein / Replication terminator protein / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Replication termination protein / Replication termination protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Vivian, J.P. / Wilce, J. / Wilce, M.C.J.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the replication termination protein in complex with a pseudosymmetric 21mer B-site DNA
著者: Vivian, J.P. / Wilce, J. / Wilce, M.C.J.
履歴
登録2006年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(P*AP*TP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*T)-3'
A: Replication termination protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9223
ポリマ－20,9223
非ポリマー00
水1448
1
D: 5'-D(P*AP*TP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*T)-3'
A: Replication termination protein

D: 5'-D(P*AP*TP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*T)-3'
A: Replication termination protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8456
ポリマ－41,8456
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.049, 73.049, 68.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
詳細The asymmetric unit contains a monomer. The biological dimer is generated by the operation: rotation: -1 0 0 0-1 0 0 0 1 translation: 1 1 0

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(P*AP*TP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3'


分子量: 3059.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*T)-3'


分子量: 3332.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Replication termination protein / Replication terminator protein


分子量: 14531.099 Da / 分子数: 1 / Mutation: C110S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: rtp / プラスミド: pET-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21.pLysS / 参照: UniProt: P68732, UniProt: P0CI76*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.75M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2sodium acetate11
3HOH11
4ammonium sulfate12
5sodium acetate12
6HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. all: 3829 / Num. obs: 3807 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 63 Å2
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 72.99 / SU ML: 0.505 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.597 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30609 170 4.5 %RANDOM
Rwork0.20199 ---
obs0.2061 3636 99.5 %-
all-3807 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.068 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.47 Å2-1.73 Å20 Å2
2---3.47 Å20 Å2
3---5.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数961 427 0 8 1396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3692.3642025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1155114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.37124.54544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.3215209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.308155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02899
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2658
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.2925
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3041.5586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5722916
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7231085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3144.51109
LS精密化 シェル解像度: 3.101→3.182 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.472 11 -
Rwork0.289 258 -
obs--98.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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