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- PDB-2dpm: DPNM DNA ADENINE METHYLTRANSFERASE FROM STREPTOCCOCUS PNEUMONIAE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dpm
タイトルDPNM DNA ADENINE METHYLTRANSFERASE FROM STREPTOCCOCUS PNEUMONIAE COMPLEXED WITH S-ADENOSYLMETHIONINE
要素PROTEIN (ADENINE-SPECIFIC METHYLTRANSFERASE DPNII 1)
キーワードTRANSFERASE / DNA ADENINE METHYLTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / METHYLASE / DNA METHYLTRANSFERASE GROUP ALPHA / S-ADENOSYLMETHIONINE / DNA N6-ADENINE METHYLATION / DPNII RESTRICTION-MODIFICATION SYSTEM / GATC METHYLATION / ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / S-adenosyl-L-methionine binding / DNA restriction-modification system / mismatch repair / methylation / sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
Adenine-specific Methyltransferase; domain 2 / Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2 / Adenine modification methylase, M.EcoRV-type / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / Adenine-specific methyltransferase, domain 2 / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...Adenine-specific Methyltransferase; domain 2 / Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2 / Adenine modification methylase, M.EcoRV-type / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / Adenine-specific methyltransferase, domain 2 / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-ADENOSYLMETHIONINE / Type II methyltransferase M1.DpnII
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tran, P.H. / Korszun, Z.R. / Cerritelli, S. / Springhorn, S.S. / Lacks, S.A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the DpnM DNA adenine methyltransferase from the DpnII restriction system of streptococcus pneumoniae bound to S-adenosylmethionine.
著者: Tran, P.H. / Korszun, Z.R. / Cerritelli, S. / Springhorn, S.S. / Lacks, S.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystallization of the DpnM Methylase from the DpnII Restriction System of Streptococcus Pneumoniae
著者: Cerritelli, S. / White, S.W. / Lacks, S.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Proteins Encoded by the DpnII Restriction Gene Cassette. Two Methylases and an Endonuclease
著者: de la Campa, A.G. / Kale, P. / Springhorn, S.S. / Lacks, S.A.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1986
タイトル: Genetic Basis of the Complementary DpnI and DpnII Restriction Systems of S.pneumoniae: An Intercellular Cassette Mechanism
著者: Lacks, S.A. / Mannarelli, B.M. / Springhorn, S.S. / Greenberg, B.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1985
タイトル: Nucleotide Sequence of the Dpn II DNA Methylase Gene of Streptococcus Pneumoniae and its Relationship to the dam Gene of Escherichia Coli
著者: Mannarelli, B.M. / Balganesh, T.S. / Greenberg, B. / Springhorn, S.S. / Lacks, S.A.
履歴
登録1998年9月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ADENINE-SPECIFIC METHYLTRANSFERASE DPNII 1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5473
ポリマ－32,9481
非ポリマー5992
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.600, 68.100, 85.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ADENINE-SPECIFIC METHYLTRANSFERASE DPNII 1) / M.DPNII 1


分子量: 32948.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S-ADENOSYLMETHIONINE
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: HB264 / 遺伝子: DPNM / プラスミド: PLS211 / 遺伝子 (発現宿主): DPNM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04043, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: MAD DATA WERE TREATED AS MIRAS
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: FOR VAPOR DIFFUSION AT 4 C, HANGING DROPS CONTAINED 0.45 NM 0.9 NMOLS OF SAM, 100 MM HEPES BUFFER, PH 7.0, 250 MM NACL, 5% PEG 3350 IN 6 MICROLITERS. RESEVOIRS CONTAINED 1.0 ML OF 50.0 MM ...詳細: FOR VAPOR DIFFUSION AT 4 C, HANGING DROPS CONTAINED 0.45 NM 0.9 NMOLS OF SAM, 100 MM HEPES BUFFER, PH 7.0, 250 MM NACL, 5% PEG 3350 IN 6 MICROLITERS. RESEVOIRS CONTAINED 1.0 ML OF 50.0 MM HEPES, 125 MM NACL, 2.5% PEG 3350., vapor diffusion - hanging drop
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.45 nmolprotein1drop
20.9 nmolAdoMet1drop
3100 mMHEPES1drop
4250 mM1dropNaCl
55 %(w/v)PEG33501drop
650 mMHEPES1reservoir
7125 mM1reservoirNaCl
82.5 %PEG33501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.008, 1.011, 0.997, 0.968
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0081
21.0111
30.9971
40.9681
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 30274 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 207177 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Num. unique obs: 1979 / Num. measured obs: 13527 / Rmerge(I) obs: 0.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 5730 10 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.238 57304 99.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2088 0 29 178 2295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 665 10.2 %
Rwork0.304 5840 -
obs--87 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.336 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor Rwork: 0.304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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