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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dlb | ||||||
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タイトル | X-ray Crystal Structure of Protein yopT from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics Consortium Target SR412 | ||||||
要素 | yopT | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / sr412 / NESG / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function YopT / Protein of unknown function YopT / YopT domain superfamily / Hypothetical protein Yopt / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta / SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YopT 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Ho, C.-K. / Cunningham, K. / Janjua, H. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Ho, C.-K. / Cunningham, K. / Janjua, H. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: X-ray structure of hypothetical protein from Bacillus subtilis O34498 at the resolution of 1.2A. NESG target SR412 著者: Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Ho, C.-K. / Cunningham, K. / Janjua, H. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dlb.cif.gz | 72.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dlb.ent.gz | 57.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dlb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2dlb_validation.pdf.gz | 430.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2dlb_full_validation.pdf.gz | 430.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2dlb_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2dlb_validation.cif.gz | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/2dlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/2dlb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | In according to Dynamic Light Scattering SR412 is dimer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9249.060 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pE21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: O34498 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 4.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9787, 0.9794, 0.9678 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月9日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.2→30 Å / Num. all: 53757 / Num. obs: 53730 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(I): -3 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.24 Å / % possible all: 59.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.2→30 Å / Num. parameters: 11721 / Num. restraintsaints: 14189 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: Anisotropic refinement reduced free r (no cutoff) by
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Refine analyze | Num. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 1100.5 / Occupancy sum non hydrogen: 1281 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å
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拘束条件 |
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