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万見
- PDB-1xu6: Structure of the C-terminal domain from Trypanosoma brucei Varian... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xu6
タイトルStructure of the C-terminal domain from Trypanosoma brucei Variant Surface Glycoprotein MITat1.2
要素Variant surface glycoprotein MITAT 1.2
キーワードIMMUNE SYSTEM / MEMBRANE PROTEIN / cysteine knot
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated evasion of host immune response / side of membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Variant surface glycoprotein MITAT 1.2, VSG 221, C-terminal domain / Variant surface glycoprotein C-terminal domain superfamily / Trypanosome variant surface glycoprotein, A-type, N-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein (A-type) / Spasmolytic Protein; domain 1 / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Variant surface glycoprotein MITAT 1.2
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma (真核生物)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Chattopadhyay, A. / Jones, N.G. / Nietlispach, D. / Nielsen, P.R. / Voorheis, H.P. / Mott, H.R. / Carrington, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure of the C-terminal domain from Trypanosoma brucei variant surface glycoprotein MITat1.2
著者: Chattopadhyay, A. / Jones, N.G. / Nietlispach, D. / Nielsen, P.R. / Voorheis, H.P. / Mott, H.R. / Carrington, M.
履歴
登録2004年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variant surface glycoprotein MITAT 1.2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7511
ポリマ－8,7511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)60 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 Variant surface glycoprotein MITAT 1.2 / VSG 221 / MITat1.2 C-terminal domain


分子量: 8750.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trypanosoma (真核生物) / 生物種: Trypanosoma brucei / 株: brucei / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 TrxB / 参照: UniProt: P26332
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
1213D 13C-SEPARATED NOESY
131CLEANEX

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試料調製

詳細内容: 1MM 15N-LABELLED C-TERMINAL DOMAIN OF MITAT1.2, 50MM SODIUM PHOSPHATE, PH 6.5, 100MM SODIUM CHLORIDE, 0.05% SODIUM AZIDE, 90% H2O, 10% D2O; 1MM 15N,13C-LABELLED C- TERMINAL DOMAIN OF MITAT1. ...内容: 1MM 15N-LABELLED C-TERMINAL DOMAIN OF MITAT1.2, 50MM SODIUM PHOSPHATE, PH 6.5, 100MM SODIUM CHLORIDE, 0.05% SODIUM AZIDE, 90% H2O, 10% D2O; 1MM 15N,13C-LABELLED C- TERMINAL DOMAIN OF MITAT1.2, 50MM SODIUM PHOSPHATE, PH 6.5, 100MM SODIUM CHLORIDE, 0.05% SODIUM AZIDE, 90% H2O, 10% D2O
試料状態pH: 6.5 / 圧: 1 ATMOSPHERE ATM / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.1NILGES精密化
Azara2.7構造決定
ANSIG3.3構造決定
CNS1.1構造決定
ARIA1.1構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: 719 UNAMBIGUOUS AND 121 AMBIGUOUS NON-DEGENERATE DISTANCE RESTRAINTS, 24 PAIRS OF DIHEDRAL RESTRAINTS FROM TALOS, AND 20 HYDROGEN BONDS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 60

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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