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- PDB-2dla: Primase large subunit amino terminal domain from Pyrococcus horikoshii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dla
タイトルPrimase large subunit amino terminal domain from Pyrococcus horikoshii
要素397aa long hypothetical protein
キーワードREPLICATION / helix bundle / twisted beta-sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA primase activity / primosome complex / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcription Elongation Factor S-II; Chain A - #50 / Phosphorylase Kinase; domain 1 - #260 / DNA primase large subunit PriL / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA primase large subunit PriL
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ito, N.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2007
タイトル: Molecular basis for the subunit assembly of the primase from an archaeon Pyrococcus horikoshii
著者: Ito, N. / Matsui, I. / Matsui, E.
履歴
登録2006年4月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 397aa long hypothetical protein
B: 397aa long hypothetical protein
C: 397aa long hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5053
ポリマ－78,5053
非ポリマー00
水30617
1
A: 397aa long hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1681
ポリマ－26,1681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 397aa long hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1681
ポリマ－26,1681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 397aa long hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1681
ポリマ－26,1681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
A: 397aa long hypothetical protein
B: 397aa long hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3372
ポリマ－52,3372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21660 Å2
手法PISA
5
C: 397aa long hypothetical protein

C: 397aa long hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3372
ポリマ－52,3372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_664-y+1,-x+1,-z-1/21
Buried area1310 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.250, 89.250, 252.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 397aa long hypothetical protein / Primase large subunit


分子量: 26168.283 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1-222 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 3256582, UniProt: O57935*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1M Ammonium Sulfate, 50mM Magnesium Sulfate, 25mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11
シンクロトロンSPring-8 BL41XU20.9793, 0.9795, 0.9840, 0.9717
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2003年7月7日
MAR CCD 165 mm2CCD2003年10月21日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97931
30.97951
40.9841
50.97171
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 23616 / Num. obs: 23431 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 56.447 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.9→2.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換
開始モデル: seleno-methionie derivative structure(This is not deposited to PDB)

解像度: 2.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.3094 21250 RANDOM
Rwork0.2482 --
all-23360 -
obs-22869 -
原子変位パラメータBiso mean: 26.3411 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5 Å20 Å20 Å2
2---5 Å20 Å2
3---10.001 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.41 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5272 0 0 17 5289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00829
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.36362
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.49354
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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