+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dj6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase from Pyrococcus horikoshii OT3 | ||||||
![]() | hypothetical protein PH0634 | ||||||
![]() | LYASE / 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase (PTPS) / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bagautdinov, B. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase from Pyrococcus horikoshii OT3 著者: Bagautdinov, B. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 62.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | Trimer (A,B and C) in the assymmetric unit represents a biological unit |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13532.464 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: GenBank: 3257041, UniProt: O58368*PLUS, 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: microbathch / pH: 6.25 詳細: 16.5% PEG 20000, 0.1M Acetate, NAOH pH 6.25, microbathch, temperature 291K |
-データ収集
回折 |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| ||||||||||||||||||
検出器 |
| ||||||||||||||||||
放射 |
| ||||||||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→47.85 Å / Num. all: 21576 / Num. obs: 21534 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 66.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.276 / Rsym value: 0.262 / Net I/σ(I): 9.9 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / Num. unique all: 2094 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 98.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.2 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.56 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.028
|