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万見
- PDB-2dgk: Crystal structure of an N-terminal deletion mutant of Escherichia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dgk
タイトルCrystal structure of an N-terminal deletion mutant of Escherichia coli GadB in an autoinhibited state (aldamine)
要素Glutamate decarboxylase beta
キーワードLYASE / GadB / GadBD1-14 / autoinhibition / substituted aldamine
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate decarboxylase / glutamate decarboxylase activity / intracellular pH elevation / L-glutamate catabolic process / pyridoxal phosphate binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #160 / Glutamate decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #160 / Glutamate decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Glutamate decarboxylase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gruetter, M.G. / Capitani, G. / Gut, H.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Escherichia coli acid resistance: pH-sensing, activation by chloride and autoinhibition in GadB
著者: Gut, H. / Pennacchietti, E. / John, R.A. / Bossa, F. / Capitani, G. / De Biase, D. / Gruetter, M.G.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure and functional analysis of Escherichia coli glutamate decarboxylase
著者: Capitani, G. / De Biase, D. / Aurizi, C. / Gut, H. / Bossa, F. / Gruetter, M.G.
履歴
登録2006年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutamate decarboxylase beta
B: Glutamate decarboxylase beta
C: Glutamate decarboxylase beta
D: Glutamate decarboxylase beta
E: Glutamate decarboxylase beta
F: Glutamate decarboxylase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)308,95826
ポリマ－306,4026
非ポリマー2,55620
水30,5351695
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: Glutamate decarboxylase beta
D: Glutamate decarboxylase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0079
ポリマ－102,1342
非ポリマー8737
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12450 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area30570 Å2
手法PISA
3
A: Glutamate decarboxylase beta
B: Glutamate decarboxylase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0079
ポリマ－102,1342
非ポリマー8737
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12520 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area30540 Å2
手法PISA
4
E: Glutamate decarboxylase beta
F: Glutamate decarboxylase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,9458
ポリマ－102,1342
非ポリマー8116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12780 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area30270 Å2
手法PISA
5
D: Glutamate decarboxylase beta
E: Glutamate decarboxylase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,9458
ポリマ－102,1342
非ポリマー8116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area38890 Å2
手法PISA
6
A: Glutamate decarboxylase beta
F: Glutamate decarboxylase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,9458
ポリマ－102,1342
非ポリマー8116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area39250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.770, 158.560, 201.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Glutamate decarboxylase beta / GAD-beta / GadB


分子量: 51067.016 Da / 分子数: 6 / 断片: GadBD1-14 / 変異: deletion of 14 N-terminal residues / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 遺伝子: gadB / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P69910, glutamate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 22.5% PEG 2000 MME, 0.18M litium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月30日 / 詳細: dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 230800 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.9→2.2 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Num. unique all: 81214 / Rsym value: 0.217 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1PMO

1pmo


解像度: 1.9→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2308 -RANDOM
Rwork0.218 ---
obs-230716 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20922 0 152 1695 22769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 225 -
Rwork0.274 --
obs-22533 97.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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