PDB-3fz6: Crystal structure of glutamate decarboxylase beta from Escherichi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fz6

タイトル

Crystal structure of glutamate decarboxylase beta from Escherichia coli: complex with xenon

要素

Glutamate decarboxylase beta

キーワード

LYASE / Glutamate decarboxylase / pmp form / xenon / Decarboxylase / Membrane / Pyridoxal phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate decarboxylase / glutamate decarboxylase activity / intracellular pH elevation / L-glutamate catabolic process / pyridoxal phosphate binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.82 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / De Biase, D. / Bossa, F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glutamate decarboxylase beta from Escherichia coli: complex with xenon
著者: Malashkevich, V.N. / De Biase, D. / Bossa, F.

履歴

登録	2009年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fz6.cif.gz	535.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fz6.ent.gz	443.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fz6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fz6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fz7 3fz8
類似構造データ	3fz7-d 3fz8-d 2dgk-d 2dgm-d 1xey-1 5gp4-2 3hbx-d 1pmo-d 2dgl-d 1pmm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate decarboxylase beta

B: Glutamate decarboxylase beta

C: Glutamate decarboxylase beta

D: Glutamate decarboxylase beta

E: Glutamate decarboxylase beta

F: Glutamate decarboxylase beta

ヘテロ分子

319 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.729, 116.729, 208.423
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: -9999 - 9999 / Label seq-ID: -9999 - 9999

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

#1: タンパク質	Glutamate decarboxylase beta / GAD-beta 分子量: 52727.957 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: b1493, gadB, JW1488 / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P69910, glutamate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸分子量: 248.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₃N₂O₅P
#3: 化合物	ChemComp-XE / XENON / キセノン分子量: 131.293 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.53 % 解説: XENON DERIVATIVE WAS PRODUCED BY APPLYING 9 BAR XENON GAS PRESSURE TO THE CRYSTAL MOUNTED IN THE QUARTZ X-RAY CAPILLARY.
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 294 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-20 / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 76681 / % possible obs: 97.85 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
ELLIOTT		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.82→19.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / WR_factor R_free: 0.172 / WR_factor R_work: 0.119 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.887 / SU B: 25.017 / SU ML: 0.219 / SU R Cruickshank DPI: 0.227 / SU R_free: 0.326 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	3768	5 %	RANDOM
R_work	0.135	-	-	-
obs	0.138	75035	97.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.17 Å² / B_iso mean: 16.763 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.82→19.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21835	0	102	363	22300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	22552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.646	1.956	30590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.167	5	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.944	23.956	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.873	15	3723
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.254	15	152
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	17551
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.322	1.5	13687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.347	20	21985
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.736	20	8865
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.908	4.5	8601

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3613 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	TIGHT POSITIONAL	0.26	5
B	TIGHT POSITIONAL	0.24	5
C	TIGHT POSITIONAL	0.26	5
D	TIGHT POSITIONAL	0.25	5
E	TIGHT POSITIONAL	0.39	5
F	TIGHT POSITIONAL	0.23	5
A	TIGHT THERMAL	3.32	10
B	TIGHT THERMAL	3.29	10
C	TIGHT THERMAL	3.66	10
D	TIGHT THERMAL	3.51	10
E	TIGHT THERMAL	3.88	10
F	TIGHT THERMAL	3.11	10

LS精密化シェル

解像度: 2.82→2.89 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	261	-
R_work	0.281	4696	-
all	-	4957	-
obs	-	-	88.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3549	-0.0981	-0.1478	0.6745	0.2346	0.5172	0.0229	0.0123	-0.0163	-0.0294	0.0717	-0.1365	0.059	0.0924	-0.0946	0.027	0.02	-0.0209	0.0288	-0.0381	0.0582	30.3926	-17.8234	-5.6146
2	0.5348	-0.0138	0.1612	0.3001	-0.089	0.6637	0.057	-0.0676	-0.0945	0.0889	0.0101	-0.0414	0.1663	0.047	-0.067	0.1128	0.0186	-0.0495	0.0172	0.0037	0.0319	12.5431	-29.7796	12.6742
3	0.2867	-0.0324	0.0881	0.4932	0.1936	0.5692	0.0258	-0.0491	-0.0063	0.0398	-0.0385	0.0339	0.0259	-0.1035	0.0126	0.006	-0.0083	0.0023	0.0231	-0.002	0.0024	-24.8134	-14.6972	-12.5202
4	0.6703	0.2928	-0.2065	0.5323	0.1481	0.4363	0.0615	-0.0253	0.0852	0.0883	-0.0763	0.1065	0.0299	-0.147	0.0148	0.0156	-0.0185	0.0183	0.0697	-0.0144	0.0227	-30.5347	4.5589	8.0715
5	0.4961	0.1848	0.0481	0.4561	-0.0594	0.4409	-0.0121	0.0325	0.0155	-0.0431	0.0149	0.0022	-0.0357	0.0175	-0.0028	0.0112	-0.0027	0.0006	0.0027	0.0008	0.0006	5.3785	31.7658	-7.7922
6	0.3799	-0.0642	0.1442	0.5897	0.1589	0.5112	-0.0142	-0.0244	0.0018	-0.0162	0.0585	-0.0951	-0.052	0.0738	-0.0443	0.0072	-0.0086	0.0054	0.0182	-0.012	0.0165	20.8084	25.2567	14.6376

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 466
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	500 - 501
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 466
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	500 - 501
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	12 - 466
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	500 - 501
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	12 - 466
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	500 - 501
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 466
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	500 - 501
11	X-RAY DIFFRACTION	5	E	467 - 831
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	12 - 466
13	X-RAY DIFFRACTION	6	F	500 - 501

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)