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万見
- PDB-2der: Cocrystal structure of an RNA sulfuration enzyme MnmA and tRNA-Gl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2der
タイトルCocrystal structure of an RNA sulfuration enzyme MnmA and tRNA-Glu in the initial tRNA binding state
要素
  • tRNA
  • tRNA-specific 2-thiouridylase mnmA
キーワードTransferase/RNA / Protein-RNA complex / Transferase-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-uridine 2-sulfurtransferase / tRNA-uridine 2-sulfurtransferase activity / sulfurtransferase complex / tRNA wobble position uridine thiolation / sulfurtransferase activity / tRNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenine nucleotide alpha hydrolases-like domains / tRNA-specific 2-thiouridylase / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, central domain superfamily / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, central domain / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, C-terminal domain / tRNA methyl transferase HUP domain / Aminomethyltransferase beta-barrel domain / tRNA methyl transferase PRC-barrel domain / Translation factors / HUPs ...Adenine nucleotide alpha hydrolases-like domains / tRNA-specific 2-thiouridylase / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, central domain superfamily / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, central domain / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, C-terminal domain / tRNA methyl transferase HUP domain / Aminomethyltransferase beta-barrel domain / tRNA methyl transferase PRC-barrel domain / Translation factors / HUPs / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / SH3 type barrels. / Roll / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10) / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Numata, T. / Ikeuchi, Y. / Fukai, S. / Suzuki, T. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Snapshots of tRNA sulphuration via an adenylated intermediate
著者: Numata, T. / Ikeuchi, Y. / Fukai, S. / Suzuki, T. / Nureki, O.
履歴
登録2006年2月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: tRNA
D: tRNA
A: tRNA-specific 2-thiouridylase mnmA
B: tRNA-specific 2-thiouridylase mnmA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,44113
ポリマ－133,5814
非ポリマー8609
水00
1
C: tRNA
A: tRNA-specific 2-thiouridylase mnmA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2687
ポリマ－66,7902
非ポリマー4785
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: tRNA
B: tRNA-specific 2-thiouridylase mnmA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1726
ポリマ－66,7902
非ポリマー3824
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)225.389, 175.845, 52.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 tRNA


分子量: 24378.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was prepared by in vitro transcription.
#2: タンパク質 tRNA-specific 2-thiouridylase mnmA / RNA sulfuration enzyme MnmA


分子量: 42411.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: P25745, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルフルトランスキナーゼ類
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.03 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 90mM HEPES-Na buffer (pH 7.5), 40mM ammonium dihydrogen phosphate, 1.8% PEG400, 1.7-1.9M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG40011
2HEPES-Na11
3ammonium dihydrogen phosphate11
4ammonium sulfate11
5HOH11
6PEG40012
7HEPES-Na12
8ammonium dihydrogen phosphate12
9ammonium sulfate12
10HOH12

-
データ収集

回折平均測定温度: 30 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月7日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 61680 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 41.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DET

2det


解像度: 3.1→46.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 75333.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 2901 4.8 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 60663 83.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.9515 Å2 / ksol: 0.283117 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.32 Å20 Å212.37 Å2
2---5.58 Å20 Å2
3---0.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.85 Å0.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→46.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5548 3082 45 0 8675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 187 4.1 %
Rwork0.388 4404 -
obs--38.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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