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万見
- PDB-2deu: Cocrystal structure of an RNA sulfuration enzyme MnmA and tRNA-Gl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2deu
タイトルCocrystal structure of an RNA sulfuration enzyme MnmA and tRNA-Glu in the adenylated intermediate state
要素
  • tRNA
  • tRNA-specific 2-thiouridylase mnmA
キーワードTransferase/RNA / Protein-RNA complex / adenylated intermediate of RNA / Transferase-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-uridine 2-sulfurtransferase / tRNA-uridine 2-sulfurtransferase activity / sulfurtransferase complex / tRNA wobble position uridine thiolation / sulfurtransferase activity / tRNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenine nucleotide alpha hydrolases-like domains / tRNA-specific 2-thiouridylase / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, central domain superfamily / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, central domain / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, C-terminal domain / tRNA methyl transferase HUP domain / Aminomethyltransferase beta-barrel domain / tRNA methyl transferase PRC-barrel domain / Translation factors / HUPs ...Adenine nucleotide alpha hydrolases-like domains / tRNA-specific 2-thiouridylase / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, central domain superfamily / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, central domain / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, C-terminal domain / tRNA methyl transferase HUP domain / Aminomethyltransferase beta-barrel domain / tRNA methyl transferase PRC-barrel domain / Translation factors / HUPs / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / SH3 type barrels. / Roll / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Numata, T. / Ikeuchi, Y. / Fukai, S. / Suzuki, T. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Snapshots of tRNA sulphuration via an adenylated intermediate
著者: Numata, T. / Ikeuchi, Y. / Fukai, S. / Suzuki, T. / Nureki, O.
履歴
登録2006年2月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: tRNA
D: tRNA
A: tRNA-specific 2-thiouridylase mnmA
B: tRNA-specific 2-thiouridylase mnmA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,4678
ポリマ－133,5814
非ポリマー8874
水00
1
C: tRNA
A: tRNA-specific 2-thiouridylase mnmA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2344
ポリマ－66,7902
非ポリマー4432
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: tRNA
B: tRNA-specific 2-thiouridylase mnmA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2344
ポリマ－66,7902
非ポリマー4432
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)238.055, 102.133, 108.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 tRNA


分子量: 24378.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was prepared by in vitro transcription.
#2: タンパク質 tRNA-specific 2-thiouridylase mnmA / RNA sulfuration enzyme MnmA


分子量: 42411.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: P25745, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルフルトランスキナーゼ類
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES-Na buffer (pH 7.5), 1.3-1.5M lithium sulfate, 2.5mM ATP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES-Na11
2lithium sulfate11
3ATP11
4HEPES-Na12
5lithium sulfate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月1日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 39423 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DET

2det


解像度: 3.4→39.16 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 1456 -RANDOM
Rwork0.281 ---
obs0.281 28987 94.6 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.05 Å0.89 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→39.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5708 3146 54 0 8908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.35
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.026
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 226 -
Rwork0.358 --
obs--91.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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