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- PDB-2ddx: Crystal structure of beta-1,3-xylanase from Vibrio sp. AX-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ddx
タイトルCrystal structure of beta-1,3-xylanase from Vibrio sp. AX-4
要素beta-1,3-xylanase
キーワードHYDROLASE / beta-1 / 3-xylanase / glycoside hydrolase / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,3-beta-xylanase / xylan endo-1,3-beta-xylosidase activity / substituted mannan metabolic process / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / xylan catabolic process / polysaccharide binding / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Beta-1,3-xylanase / Beta-1,3-xylanase, CBM31 domain superfamily / Family 31 carbohydrate binding protein / Glycoside hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Beta-1,3-xylanase XYL4
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 0.86 Å
データ登録者Sakaguchi, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Atomic resolution analysis of beta-1,3-xylanase catalytic module from Vibrio sp. AX-4
著者: Sakaguchi, K. / Kawamura, T. / Watanabe, N. / Kiyohara, M. / Yamaguchi, K. / Ito, M. / Tanaka, I.
履歴
登録2006年2月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-1,3-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2375
ポリマ－36,9361
非ポリマー3014
水7,278404
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.873, 75.654, 82.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 beta-1,3-xylanase


分子量: 36936.336 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-327 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio sp. (バクテリア) / 株: AX-4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: GenBank: 52782169, UniProt: D5MP61*PLUS, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.1843.59
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法9.51M sodium citrate, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法9.51M sodium citrate, 0.1M CHES, 20% glycerol, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A10.974, 0.978, 0.960
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A20.9
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2003年12月21日
ADSC QUANTUM 3152CCD2004年4月27日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)MADMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9741
20.9781
30.961
40.91
反射解像度: 0.86→50 Å / Num. all: 272709 / Num. obs: 264110 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 0.86→0.89 Å / 冗長度: 2.9 % / Num. unique all: 20202 / Rsym value: 0.503 / % possible all: 74.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 0.86→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 0.301 / SU ML: 0.009 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.014 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14772 13309 5 %RANDOM
Rwork0.13946 ---
obs0.13988 250801 96.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 6.847 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.86→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2540 0 19 404 2963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222702
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1851.9143703
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8163.0015308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7465323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.89125.035141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.97615391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.851511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023054
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02559
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.22371
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21355
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21336
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0910.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.5860.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1940.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1150.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7271.52086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2861.5663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92822634
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.28131341
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6834.51069
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.936362
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.2263405
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.85734912
LS精密化 シェル解像度: 0.86→0.882 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 735 -
Rwork0.282 13187 -
obs--69.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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