PDB-2ddd: Unique behavior of a histidine responsible for an engineered gree...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ddd

タイトル

Unique behavior of a histidine responsible for an engineered green-to-red photoconversion process

要素

photoconvertible fluorescent protein

キーワード

LUMINESCENT PROTEIN / photoconversion / green state

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Favia favus (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Shimizu, H. / Tsutsui, H. / Nukina, N. / Miyawaki, A.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: The E1 mechanism in photo-induced beta-elimination reactions for green-to-red conversion of fluorescent proteins
著者: Tsutsui, H. / Shimizu, H. / Mizuno, H. / Nukina, N. / Furuta, T. / Miyawaki, A.

履歴

登録	2006年1月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ddd.cif.gz	116.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ddd.ent.gz	87.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ddd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ddd_validation.pdf.gz	376.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ddd_full_validation.pdf.gz	379.8 KB	表示
XML形式データ	2ddd_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	2ddd_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/2ddd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/2ddd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ddcC 1xssS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ddc-d 1xss-d 5u7q-4 7odc-d 1xmz-d 5il0-d 6ed6-2 3etb-2 7kg0-d 6hmk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (3) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (3)

登録構造単位

A: photoconvertible fluorescent protein

B: photoconvertible fluorescent protein

ヘテロ分子

51.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.837, 118.410, 48.856
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.96, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1388- HOH

#1: タンパク質	photoconvertible fluorescent protein 分子量: 25705.287 Da / 分子数: 2 / 変異: M1V, L12V, E70K, P144S, Q197L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Favia favus (無脊椎動物) / プラスミド: pRSETb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q53UG8
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 4M NaCl, 0.1M HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→100 Å / Num. obs: 69780 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / R_sym value: 0.041
反射シェル	解像度: 1.55→1.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / R_sym value: 0.267 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XSS

1xss

解像度: 1.55→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.19	3524	RANDOM
R_work	0.175	-	-
obs	-	69436	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→100 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3605	0	4	600	4209

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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