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- PDB-2dch: Crystal structure of archaeal intron-encoded homing endonuclease ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dch
タイトルCrystal structure of archaeal intron-encoded homing endonuclease I-Tsp061I
要素putative homing endonuclease
キーワードHYDROLASE / alpha/beta fold
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG-like domain / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative homing endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoproteus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Nakayama, H. / Tsuge, H. / Shimamura, T. / Miyano, M. / Nomura, N. / Sako, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure of a hyperthermophilic archaeal homing endonuclease, I-Tsp061I: contribution of cross-domain polar networks to thermostability.
著者: Nakayama, H. / Shimamura, T. / Imagawa, T. / Shirai, N. / Itoh, T. / Sako, Y. / Miyano, M. / Sakuraba, H. / Ohshima, T. / Nomura, N. / Tsuge, H.
履歴
登録2006年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Database references
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: putative homing endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8904
ポリマ－24,6621
非ポリマー2283
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
X: putative homing endonuclease
ヘテロ分子

X: putative homing endonuclease
ヘテロ分子

X: putative homing endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,67012
ポリマ－73,9873
非ポリマー6839
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area7720 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area26270 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.593, 91.593, 193.643
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細The biological assemly is a monomer generated by the two domains connected by the linker loop.

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要素

#1: タンパク質 putative homing endonuclease / Archaeal intron-encoded DNA endonuclease


分子量: 24662.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoproteus (古細菌) / 属: Thermoproteus / 株: IC-061 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q8J309, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE DEPOSITORS BELIEVE THAT LEU 26 AND VAL 63 ARE CORRECT AND THAT DATABASE IS INCORRECT AT THESE POSITIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 2.2M ammonium sulfate, 0.05M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A1
回転陽極RIGAKU2
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS VII1IMAGE PLATE2003年5月13日
2CCD2003年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.06→72.55 Å / Num. obs: 19290 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 36.9
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 1965 / Rsym value: 0.259 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.06→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.025 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24259 986 5.1 %RANDOM
Rwork0.20165 ---
obs0.20372 18302 97.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.012 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20.48 Å20 Å2
2--0.95 Å20 Å2
3----1.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→72.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1643 0 11 172 1826
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221689
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5061.9642284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2945202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46922.89576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.40915301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3451514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2771
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2060.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4441.51037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.98321626
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9753751
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1754.5658
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.057→2.11 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 77 -
Rwork0.242 1288 -
obs--95.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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