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- PDB-2dbb: Crystal structure of PH0061 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dbb
タイトルCrystal structure of PH0061
要素Putative HTH-type transcriptional regulator PH0061
キーワードTRANSCRIPTIONAL REGULATOR / AsnC family / helix-turn-helix (HTH) domain / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, AsnC-type, conserved site / AsnC-type HTH domain signature. / : / AsnC-type HTH domain profile. / Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Winged helix-turn-helix DNA-binding / Dimeric alpha-beta barrel ...Transcription regulator HTH, AsnC-type, conserved site / AsnC-type HTH domain signature. / : / AsnC-type HTH domain profile. / Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Winged helix-turn-helix DNA-binding / Dimeric alpha-beta barrel / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator PH0061
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nishino, A. / Hosaka, T. / Murayama, K. / Shirouzu, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PH0061
著者: Hosaka, T. / Nishino, A. / Murayama, K. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2005年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative HTH-type transcriptional regulator PH0061
B: Putative HTH-type transcriptional regulator PH0061


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2422
ポリマ－35,2422
非ポリマー00
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14770 Å2
手法PISA
2
A: Putative HTH-type transcriptional regulator PH0061
B: Putative HTH-type transcriptional regulator PH0061

A: Putative HTH-type transcriptional regulator PH0061
B: Putative HTH-type transcriptional regulator PH0061


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4844
ポリマ－70,4844
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
Buried area15160 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area27680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.330, 118.810, 132.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Putative HTH-type transcriptional regulator PH0061 / hypothetical protein / PH0061


分子量: 17620.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pRARE / 参照: UniProt: O57802
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.2M Sodium citrate, 0.5% Ethyl Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.97900, 0.97929, 0.964
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.979291
30.9641
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 24083 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 14.74
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 24083 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 70.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1717 -RANDAM
Rwork0.198 ---
obs-20234 75.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10 Å20 Å20 Å2
2---0.9 Å20 Å2
3----9.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2405 0 0 92 2497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.291 144
Rwork0.243 -
obs-2853

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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