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- PDB-4gqy: Crystal structure of CBSX2 in complex with AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gqy
タイトルCrystal structure of CBSX2 in complex with AMP
要素CBS domain-containing protein CBSX2, chloroplastic
キーワードPROTEIN BINDING / CBS domain / Thioredoxin / Chloroplast in plant
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast stroma / cell redox homeostasis / chloroplast / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / CBS domain-containing protein CBSX2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.193 Å
データ登録者Jeong, B.C. / Song, H.K.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Change in single cystathionine beta-synthase domain-containing protein from a bent to flat conformation upon adenosine monophosphate binding
著者: Jeong, B.C. / Park, S.H. / Yoo, K.S. / Shin, J.S. / Song, H.K.
履歴
登録2012年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBS domain-containing protein CBSX2, chloroplastic
B: CBS domain-containing protein CBSX2, chloroplastic
C: CBS domain-containing protein CBSX2, chloroplastic
D: CBS domain-containing protein CBSX2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1038
ポリマ－72,7144
非ポリマー1,3894
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11220 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area26390 Å2
手法PISA
2
A: CBS domain-containing protein CBSX2, chloroplastic
B: CBS domain-containing protein CBSX2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0524
ポリマ－36,3572
非ポリマー6942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area14790 Å2
手法PISA
3
C: CBS domain-containing protein CBSX2, chloroplastic
D: CBS domain-containing protein CBSX2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0524
ポリマ－36,3572
非ポリマー6942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area14640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.974, 103.634, 69.983
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CBS domain-containing protein CBSX2, chloroplastic / CBS domain-containing protein 1 / AtCDCP1 / Protein LOSS OF THE TIMING OF ET AND JA BIOSYNTHESIS 1 / AtLEJ1


分子量: 18178.619 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 76-238 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At4g34120, CBSX2, CDCP1, F28A23.120 / プラスミド: pET-GST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9C5D0
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) liquid-nitrogen-cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.193→50 Å / Num. obs: 35664 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 17.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.193→31.859 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2411 1861 5.68 %
Rwork0.2009 --
obs0.2032 32757 91.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.193→31.859 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4349 0 92 334 4775
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2416133
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8811682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005754
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1931-2.25240.26671360.23152251X-RAY DIFFRACTION87
2.2524-2.31860.30741320.22862307X-RAY DIFFRACTION88
2.3186-2.39340.25661330.23772268X-RAY DIFFRACTION88
2.3934-2.4790.35241370.25442182X-RAY DIFFRACTION86
2.479-2.57820.2571360.23292168X-RAY DIFFRACTION83
2.5782-2.69550.30781420.2252363X-RAY DIFFRACTION90
2.6955-2.83750.29871310.24532317X-RAY DIFFRACTION90
2.8375-3.01510.31461380.24412208X-RAY DIFFRACTION85
3.0151-3.24770.281460.2212420X-RAY DIFFRACTION94
3.2477-3.57420.22361580.18732617X-RAY DIFFRACTION100
3.5742-4.09040.21271590.17212593X-RAY DIFFRACTION99
4.0904-5.150.1861530.15872582X-RAY DIFFRACTION99
5.15-31.86230.20291600.19382620X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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