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万見
- PDB-2d4z: Crystal structure of the cytoplasmic domain of the chloride chann... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d4z
タイトルCrystal structure of the cytoplasmic domain of the chloride channel ClC-0
要素Chloride channel protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ClC chloride channel cytoplasmic domain / CBS domains / ion channel regulatory subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated chloride channel activity / chloride channel complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Chloride channel ClC-0 / : / CBS-domain / CBS-domain / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Chloride channel ClC-0 / : / CBS-domain / CBS-domain / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloride channel protein
類似検索 - 構成要素
生物種Torpedo marmorata (エイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Dutzler, R. / Meyer, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the cytoplasmic domain of the chloride channel ClC-0.
著者: Meyer, S. / Dutzler, R.
履歴
登録2005年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloride channel protein
B: Chloride channel protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5742
ポリマ－55,5742
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chloride channel protein

B: Chloride channel protein

B: Chloride channel protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3613
ポリマ－83,3613
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
Buried area4370 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area26910 Å2
手法PISA, PQS
3
A: Chloride channel protein

A: Chloride channel protein

A: Chloride channel protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3613
ポリマ－83,3613
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_645-z+1,x-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_556y+1/2,-z+1/2,-x+11
Buried area3990 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area26370 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)125.819, 125.819, 125.819
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
詳細The biological assembly is probably a dimer. The crystal does not contain the biological assembly.

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要素

#1: タンパク質 Chloride channel protein


分子量: 27786.834 Da / 分子数: 2 / 断片: ClC-0 cytoplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Torpedo marmorata (エイ) / プラスミド: pET28 b+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P21564

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 3.5M sodium formate 10mM magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.919 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 12312 / Num. obs: 12275 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 72.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1200 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.1→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 1454756.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE STRUCTURE INCLUDES STRETCHES OF WEAK ELECTRON DENSITY WITH ILL DEFINED SIDECHAINS. PARTS OF THE N-TERMINUS AS WELL AS A LINKER REGION HAVE BEEN TRACED AS A POLYGLYCINE CHAIN THEREFORE ...詳細: THE STRUCTURE INCLUDES STRETCHES OF WEAK ELECTRON DENSITY WITH ILL DEFINED SIDECHAINS. PARTS OF THE N-TERMINUS AS WELL AS A LINKER REGION HAVE BEEN TRACED AS A POLYGLYCINE CHAIN THEREFORE THESE RESIDUES ARE MISSING ATOMS. SEE REMARK 470. SUBSTANTIAL PARTS OF THE LINKER SHOW NO DEFINED ELECTRON DENSITY; SEE REMARK 465.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 642 5.2 %RANDOM
Rwork0.274 ---
obs0.274 12254 99.9 %-
all-12278 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.9256 Å2 / ksol: 0.291994 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 90.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.48 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2468 0 0 0 2468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.841.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.152.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.444 108 5.4 %
Rwork0.393 1908 -
obs--100 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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