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万見
- PDB-2d4u: Crystal Structure of the ligand binding domain of the bacterial s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d4u
タイトルCrystal Structure of the ligand binding domain of the bacterial serine chemoreceptor Tsr
要素Methyl-accepting chemotaxis protein I
キーワードSIGNALING PROTEIN / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


: / detection of chemical stimulus / methyl accepting chemotaxis protein complex / protein trimerization / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / regulation of chemotaxis / signal complex assembly / receptor clustering / cellular response to amino acid stimulus / cell motility ...: / detection of chemical stimulus / methyl accepting chemotaxis protein complex / protein trimerization / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / regulation of chemotaxis / signal complex assembly / receptor clustering / cellular response to amino acid stimulus / cell motility / protein homooligomerization / chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aspartate receptor, ligand-binding domain / Methyl-accepting chemotaxis protein, four helix bundle domain superfamily / Homologues of the ligand binding domain of Tar / Chemotaxis methyl-accepting receptor, methyl-accepting site / Bacterial chemotaxis sensory transducers signature. / Chemotaxis methyl-accepting receptor Tar-related, ligand-binding / Tar ligand binding domain homologue / : / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain ...Aspartate receptor, ligand-binding domain / Methyl-accepting chemotaxis protein, four helix bundle domain superfamily / Homologues of the ligand binding domain of Tar / Chemotaxis methyl-accepting receptor, methyl-accepting site / Bacterial chemotaxis sensory transducers signature. / Chemotaxis methyl-accepting receptor Tar-related, ligand-binding / Tar ligand binding domain homologue / : / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Methyl-accepting chemotaxis protein I
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Imada, K. / Tajima, H. / Namba, K. / Sakuma, M. / Homma, M. / Kawagishi, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Ligand specificity determined by differentially arranged common ligand-binding residues in the bacterial amino acid chemoreceptors Tsr and Tar.
著者: Tajima, H. / Imada, K. / Sakuma, M. / Hattori, F. / Nara, T. / Kamo, N. / Homma, M. / Kawagishi, I.
履歴
登録2005年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年10月19日Group: Database references
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein I
B: Methyl-accepting chemotaxis protein I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6742
ポリマ－39,6742
非ポリマー00
水7,638424
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.480, 55.060, 73.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assmbly is a dimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein I / MCP-I / Serine chemoreceptor protein


分子量: 19836.902 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain / 変異: D36S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02942
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 15-20% PEG 10000, 0.1M Tris HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 35 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月20日
放射モノクロメーター: double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→43.85 Å / Num. all: 24764 / Num. obs: 24467 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2lig

2lig


解像度: 1.95→43.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.038 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25854 1242 5.1 %RANDOM
Rwork0.21588 ---
all0.21805 24453 --
obs0.21805 23211 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.558 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.69 Å20 Å21.23 Å2
2--0 Å20 Å2
3----2.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→43.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 0 0 424 2968
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212586
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3221.9333496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.8293320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.76415459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022014
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2630.31490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3130.5332
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.355
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.518
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9141.51595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70722540
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.823991
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7784.5956
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.394 71
Rwork0.27 1699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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