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万見
- PDB-2d22: Crystal structure of covalent glycosyl-enzyme intermediate of cat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d22
タイトルCrystal structure of covalent glycosyl-enzyme intermediate of catalytic-site mutant xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
要素ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
キーワードHYDROLASE / TIM-BARREL / RETAINING ENZYME / CATALYTIC-SITE MUTANT / CHEMICAL RESCUE / COVALENT GLYCOSYL-ENZYME INTERMEDIATE
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. ...Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces olivaceoviridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Suzuki, R. / Kuno, A. / Fujimoto, Z. / Ito, S. / Kawahara, S.I. / Kaneko, S. / Hasegawa, T. / Taira, K.
引用
ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2009
タイトル: Crystallographic snapshots of an entire reaction cycle for a retaining xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
著者: Suzuki, R. / Fujimoto, Z. / Ito, S. / Kawahara, S. / Kaneko, S. / Taira, K. / Hasegawa, T. / Kuno, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of Streptomyces olivaceoviridis E-86 beta-xylanase containing xylan-binding domain
著者: Fujimoto, Z. / Kuno, A. / Kaneko, S. / Yoshida, S. / Kobayashi, H. / Kusakabe, I. / Mizuno, H.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of the sugar complexes of Streptomyces olivaceoviridis E-86 xylanase: sugar binding structure of the family 13 carbohydrate binding module
著者: Fujimoto, Z. / Kuno, A. / Kaneko, S. / Kobayashi, H. / Kusakabe, I. / Mizuno, H.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of decorated xylooligosaccharides bound to a family 10 xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
著者: Fujimoto, Z. / Kaneko, S. / Kuno, A. / Kobayashi, H. / Kusakabe, I. / Mizuno, H.
#4: ジャーナル: J.FERMENT.BIOENG. / 年: 1998
タイトル: PCR Cloning and Expression of the F/10 Family Xylanse Gene from Streptomyces olivaceoviridis E-86
著者: Kuno, A. / Shimizu, D. / Kaneko, S. / Koyama, Y. / Yoshida, S. / Kobayashi, H. / Hayashi, K. / Taira, K. / Kusakabe, I.
#5: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 1999
タイトル: Significant enhancement in the binding of p-nitrophenyl-beta-D-xylobioside by the E128H mutant F/10 xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
著者: Kuno, A. / Shimizu, D. / Kaneko, S. / Hasegawa, T. / Gama, Y. / Hayashi, K. / Kusakabe, I. / Taira, K.
履歴
登録2005年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32012年2月15日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
B: ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,32817
ポリマ－93,5462
非ポリマー1,78215
水15,547863
1
A: ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7169
ポリマ－46,7731
非ポリマー9438
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6128
ポリマ－46,7731
非ポリマー8397
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.691, 93.956, 139.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE / Glycoside Hydrolase Family 10 Xylanase


分子量: 46773.230 Da / 分子数: 2 / 変異: N127S and E128H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces olivaceoviridis (バクテリア)
株: E-86 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q7SI98, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-4DXylpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a212h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C5O3>]{[(1+1)][b-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 863 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: disodium hydrogenphosphate, citric acid, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月3日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 216852 / Num. obs: 113798 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 16 Å2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2D1Z

2d1z


解像度: 1.7→32.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2605881.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 5727 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.186 113707 --
all-139811 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.53 Å2 / ksol: 0.394512 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6466 0 109 863 7438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 897 4.8 %
Rwork0.212 17642 -
obs-11132 98.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbo_rep.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3carbosup.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION5cis_peptideC1.paramcarbosup.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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