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万見
- PDB-2d0n: Crystal structure of the C-terminal SH3 domain of the adaptor pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d0n
タイトルCrystal structure of the C-terminal SH3 domain of the adaptor protein GADS in complex with SLP-76 motif peptide reveals a unique SH3-SH3 interaction
要素
  • GRB2-related adaptor protein 2
  • SLP-76 binding peptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 DOMAIN-COMPLEX / MONA/GADS SH3C DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


FLT3 Signaling / Co-stimulation by CD28 / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by SCF-KIT / Generation of second messenger molecules / FCERI mediated Ca+2 mobilization / DAP12 signaling / endosome / nucleoplasm / nucleus ...FLT3 Signaling / Co-stimulation by CD28 / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by SCF-KIT / Generation of second messenger molecules / FCERI mediated Ca+2 mobilization / DAP12 signaling / endosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GRAP2, C-terminal SH3 domain / Grb2-like / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains ...GRAP2, C-terminal SH3 domain / Grb2-like / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GRB2-related adaptor protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Dimasi, N.
引用ジャーナル: Int.J.Biochem.Cell Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the C-terminal SH3 domain of the adaptor protein GADS in complex with SLP-76 motif peptide reveals a unique SH3-SH3 interaction
著者: Dimasi, N.
履歴
登録2005年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRB2-related adaptor protein 2
B: SLP-76 binding peptide
C: GRB2-related adaptor protein 2
D: SLP-76 binding peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4434
ポリマ－15,4434
非ポリマー00
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.622, 58.622, 74.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-5-

HOH

21A-138-

HOH

31A-189-

HOH

41C-102-

HOH

51D-128-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GRB2-related adaptor protein 2 / GADS protein / Growth factor receptor binding protein / GRBLG / GRB-2-like protein / GRB2L / ...GADS protein / Growth factor receptor binding protein / GRBLG / GRB-2-like protein / GRB2L / Hematopoietic cell-associated adaptor protein GrpL / GRB-2-related monocytic adapter protein / Monocytic adapter / MONA / Adapter protein GRID


分子量: 6719.488 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pT7-GADS-cSH3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O89100
#2: タンパク質・ペプチド SLP-76 binding peptide


分子量: 1002.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The SLP-76 peptide was synthesized synthetically with the F-moc chemistry
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.26M ammonium sulfate, 0.1M cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月13日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→36.18 Å / Num. obs: 16893 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.178
反射 シェル解像度: 1.54→1.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.043 / % possible all: 85.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OEB Chain A

1oeb


解像度: 1.57→7.9 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.284 826 RANDOM
Rwork0.221 --
obs0.221 16886 -
all-19749 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→7.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1059 0 0 199 1258
LS精密化 シェル最高解像度: 1.57 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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