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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2czj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the tRNA domain of tmRNA from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / SmpB / tmRNA / SsrA RNA / 10Sa RNA / tRNA / trans-translation / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å | ||||||
データ登録者 | Bessho, Y. / Shibata, R. / Sekine, S. / Murayama, K. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007 タイトル: Structural basis for functional mimicry of long-variable-arm tRNA by transfer-messenger RNA. 著者: Bessho, Y. / Shibata, R. / Sekine, S. / Murayama, K. / Higashijima, K. / Hori-Takemoto, C. / Shirouzu, M. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2czj.cif.gz | 240.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2czj.ent.gz | 189.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2czj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2czj_validation.pdf.gz | 444.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2czj_full_validation.pdf.gz | 586.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2czj_validation.xml.gz | 35.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2czj_validation.cif.gz | 50.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/2czj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/2czj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14177.479 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RR57 #2: RNA鎖 | 分子量: 20289.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 詳細: Total 63nt of RNA was generated by binding T7 trascript (41nt) and chemically synthesized RNA (22nt). |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.4 % | ||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: HEPES, ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月14日 |
放射 | モノクロメーター: double flat Si(111) crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.01→48.76 Å / Num. obs: 40370 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.33 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 23.69 |
反射 シェル | 解像度: 3.01→3.11 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3977 / Rsym value: 0.366 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1P6V, 1WJX 解像度: 3.01→48.76 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: THIS CRYSTAL HAS A PSEUDO-MEROHEDRAL PERFECT TWINNING. THE TWINNING OPERATER IS (H,K,L) -> (H,-K,-L). THE R-FACTOR IS 0.255 AND THE R-FREE IS 0.320 WHEN THIS TWINING OPERATOR IS USED WITH TWIN_LSQ TARGET.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 94.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.01→48.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.14 Å / Rfactor Rfree: 0.375 / Rfactor Rwork: 0.361 / Total num. of bins used: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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